DESEQ2 R语言错误

是 否 +2 论坛币

k人 参与回答

经管之家送您一份

应届毕业生专属福利!

求职就业群

赵安豆老师微信：zhaoandou666

经管之家联合CDA

送您一个全额奖学金名额~ !

立即领取

感谢您参与论坛问题回答

经管之家送您两个论坛币！

+2 论坛币

做DESEQ2换了个文件就出错，代码是Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) :
  some values in assay are not integers，请问各位大佬怎么解决啊？
具体代码如下：
library(DESeq2)
setwd("D:/RDATA")
mycounts<-read.csv("500samplegutotu.csv",header = T)
head(mycounts)
rownames(mycounts)<-mycounts[,1]
mycounts<-mycounts[,-1]
head(mycounts)
condition<-factor(c(rep("case",69),rep("control",422)),levels=c("case","control"))
condition
colData<-data.frame(row.names = colnames(mycounts),condition)
colData
dds<-DESeqDataSetFromMatrix(mycounts,colData,design= ~condition)

扫码加我 拉你入群

请注明：姓名-公司-职位

以便审核进群资格，未注明则拒绝

分享0 收藏0 回帖

关键词：R语言 dataset Library Integer Design

已经解决了，谢谢

kkykim 发表于 2019-11-21 16:00
已经解决了，谢谢

想问下楼主怎么解决的这个问题，最近自己也遇到了同样的问题，不知道怎么去做

ddm<-DESeqDataSetFromMatrix(countData=round(count.mat),colData=matrix,design=~condition)
round函数取整数

kkykim 发表于 2019-11-21 16:00
已经解决了，谢谢

想请问楼主怎么解决的

shi158 发表于 2020-8-22 10:37
想问下楼主怎么解决的这个问题，最近自己也遇到了同样的问题，不知道怎么去做

想问楼主解决了么