楼主: 不二不幸福
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[问答] 数据框的多列如何两两比较作图 [推广有奖]

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数据格式如下:
ID        r1        r2        r3
1        68.46        65.86        65.08
2        38.89        37.61        39.09
3        59.2        63.34        28.33
4        27.3        20.33        24.11
5        15.24        18.77        1.79
6        66.97        35.46        0
7        62.94        56.82        79.53
8        32.49        25.61        0.53
9        57.69        36.33        20.36
10        26.6        17.58        39.25
11        17.4        15.62        1.47
12        37.26        51.14        67.65
13        12.52        19.26        11.97
源数据一共是31行34列,现在是想除了第一列之外,剩下的33列排列组合选取两列作图,比如1、2、3或者1、2、4等,我试着用1、3、5列画图:
  1. data<-read.csv('C:/Users/elain/Desktop/ZDW_MET_1.csv',header=T)
  2. #calculate Correlation coefficient
  3. data1<-data[,-1]
  4. cormat <- round(cor(data1,use="pairwise.complete.obs"),2)

  5. # plot
  6. test<-data[,c(1,3,5)]
  7. test<-melt(test,id.vars = "ID",variable.name = "region",value.name = "methy")
  8. test<-rename(test,c(ID="sample"))
  9. test<-rename(test,c(variable="region"))
  10. test<-rename(test,c(value="methy"))
  11. test =na.omit(test)
  12. labels = paste("P_value=",cormat[2,4])
  13. ggplot(test, aes(x=sample, y=methy,colour=region)) +
  14.   geom_point() +
  15.   stat_smooth(method=lm,se=FALSE) +
  16.   theme_classic() +
  17.   annotate("text",x=-Inf,y=Inf,label=labels,hjust=-.2,vjust=2)
  18. ggsave('C:/Users/elain/Desktop/r2_r4.png')
复制代码
这些数据两两组合有好多种,请问一下有没有什么函数可以快速达到目的,或者如果要循环,这种两两取列要怎么写呢

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关键词:数据框 Data 数据格式

沙发
齐物论pi 学生认证  发表于 2019-11-22 13:32:58 来自手机 |只看作者 |坛友微信交流群
读取,然后设置数据的dim,

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