R中运行R2WinBUGS，及BRugs问题。

我在R中安装了R2WinBUGs和BRugs包，试运行了http://www.stat.columbia.edu/~gelman/bugsR/runningbugs.html
上的程序，分别报错
1，
Error in file(con, "rb") : 无法打开链结
此外: 警告信息：
In file(con, "rb") :
  无法打开文件'c:/Program Files/WinBUGS14//System/Rsrc/Registry.odc': No such file or directory
错误于bugs.run(n.burnin, bugs.directory, WINE = WINE, useWINE = useWINE,  :
  WinBUGS executable does not exist in c:/Program Files/WinBUGS14/
此外: 警告信息：
In list.files(bugs.directory) :
  list.files: 'c:/Program Files/WinBUGS14/'目录不可读

2，
Carriage returns added to model file schools.bug
invalid or unexpected token scanned error pos 106 (error on line 10)
model must be checked before data is loaded
错误于samplesSetLastChain(numChains) :
  it is required to have 1 <= last <= nchains
此外: 警告信息：
In readChar(modelFile, 10^3) : 在non-UTF-8 MBCS语言环境里只能读取字节

3，错误于bugs.run(n.burnin, bugs.directory, WINE = WINE, useWINE = useWINE,  :
  Look at the log file and
try again with 'debug=TRUE' to figure out what went wrong within Bugs.

问题1。是我把WinBUGS和OpenBugs都装在了D盘，除了重装，有没有什么解决办法？
2。如何修改下载的这程序包里的源程序？
3。以上报错的解决办法？
4。运行中WinBUGS程序快速闪过，看不清内容，如何处理？
刚刚接触R，望高手不吝赐教！

如果使用R2WinBUGS包的话，两个主要functions: bugs和openbugs都有“bugs.directory=”这个选项。如果你的bugs在d盘，可以用bugs(..., bugs.directory="d:/Program Files/WinBUGS14/",...)。试试看。

我的回答帮助你解决问题了吗？

soccy 发表于 2010-6-20 06:28
如果使用R2WinBUGS包的话，两个主要functions: bugs和openbugs都有“bugs.directory=”这个选项。如果你的bugs在d盘，可以用bugs(..., bugs.directory="d:/Program Files/WinBUGS14/",...)。试试看。

十分十分感谢您的答复，对不起，是我对您的答复，回复的慢了，本来我还想还有没有别人能给出什么结果的，呵呵。。
今天我又花点时间看怎么在MATLAB在调用winBUGS或者OpenBUGS来着，也是出了一堆问题，问题在这里http://www.pinggu.org/bbs/thread-841095-1-1.html

我按照您的方法，在命令里加入了bugs.directory="d:/Program Files/WinBUGS14/"，结果提示：
错误于bugs.run(n.burnin, bugs.directory, WINE = WINE, useWINE = useWINE,  :
  Look at the log file and
try again with 'debug=TRUE' to figure out what went wrong within Bugs.


总之十分感谢您。

另外我得到的log文件如下，我用的是网上给的例子，怎么check model还会有错呢？
check(C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/RtmpKs0B7c/schools.bug.txt)
invalid or unexpected token scanned
data(C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/RtmpKs0B7c/data.txt)
command #Bugs:data cannot be executed (is greyed out)
compile(3)
inits(1,C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/RtmpKs0B7c/inits1.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
inits(2,C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/RtmpKs0B7c/inits2.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
inits(3,C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/RtmpKs0B7c/inits3.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
gen.inits()
command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out)
thin.updater(1)
update(500)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
set(theta)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(mu.theta)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(sigma.theta)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(deviance)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
dic.set()
command #Bugs:dic.set cannot be executed (is greyed out)
update(500)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
coda(*,C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/RtmpKs0B7c/coda)
command #Bugs:coda cannot be executed (is greyed out)
stats(*)
command #Bugs:stats cannot be executed (is greyed out)
dic.stats()

DIC
history(*,C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/RtmpKs0B7c/history.odc)
command #Bugs:history cannot be executed (is greyed out)
save(C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/RtmpKs0B7c/log.odc)
save(C:/DOCUME~1/ADMINI~1/LOCALS~1/Temp/RtmpKs0B7c/log.txt)

由于Matlab不是自由软件，我很少接触。我个人认为BUGS/JAGS与R的组合是比较理想的Bayesian分析平台（而且学习材料比较多）。

1.在c碟,新建文件夹"Bugs",
作为working.directory
放进两文件schools.bug,schools.dat
2.注意你的winbugs安装路径
若不是"C:/Program Files/WinBUGS14/"
请依二楼soccy兄所言修改
3.in R 运行底下程序:

library(R2WinBUGS)
schools <- read.table ("c:/Bugs/schools.dat", header=TRUE)
J <- nrow(schools)
y <- schools$estimate
sigma.y <- schools$sd
data <- list ("J", "y", "sigma.y")
inits <- function() {list (theta=rnorm(J,0,100), mu.theta=rnorm(1,0,100), sigma.theta=runif(1,0,100))}
parameters <- c("theta", "mu.theta", "sigma.theta")
schools.sim <- bugs (data, inits=inits, parameters, "schools.bug", n.chains=3, n.iter=1000,debug=TRUE,
                     DIC=TRUE,bugs.directory = "C:/Program Files/WinBUGS14/",working.directory = "c:/Bugs")
print (schools.sim,digits=3)
plot (schools.sim)


Bugs.rar (628 Bytes)

2010-6-23 21:05:09 上传

十分感谢soccy与epoch二位仁兄的帮助。后来我把那个model自己重新存了一个文件，结果check model时就通过了，不知是不是网站上的schools.bug文件有什么错误。当然，epoch提供的Bugs文件同样好用。
另外，感觉通过在R下文件->改变工作目录 的方式指定working.directory的方法更方便一些。
而且，在R下运行，R的反应会很慢啊，还是全部命令都编好后运行，效率较高，不然得等半天才可以用R进行下一步分析。
现在又有一个问题，WinBUGS软件，我看到的例子大部分都是参数估计，不知可否进行预测。如，估计出SV模型的参数之后，如何进行out of sample的分析？是否这时需要在R的环境下编程实现。
望高手指点一二，不胜感激。

1.schools.bug 就是网上提供的文件.
2.要做预测,可参考这个帖子;
   http://www.pinggu.org/bbs/thread-807868-1-1.html
只要修改一下winbugs程序

建议读一下《Data Analysis Using Regression And Multilevel Hierarchical Models》这本书。书中361-363提到了如何作简单预测。如果要使用BUGS作Bayesian分析的话，这本书一定要看一看。