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对以美国为代表的制度经济学，又可划分为演化学派和新古典学派：以凡勃伦和康芒斯为代表的老制度经济学，以及在此传统下发展出来的以加尔布雷斯为代表的“新”制度经济学，是演化学派；以科斯、诺斯和威廉姆森等为代表的基于新古典范式的新制度经济学，是新古典学派。　　当然，制度经济学的发展比上述划分要复杂和丰富得多，凡勃伦等的制度经济学和科斯等的制度经济学都明显受到马克思经济学的影响；科斯等的经济学也明显受到凡勃伦和加尔布雷思等的影响；马克思的经济学实际上也是演化经济学。另外，“主线”之外，还有很多从制度角度研究的经济学理论，例如：瑞典学派的制度分析，发展经济学的制度分析，比较制度分析等。值得注意的是，制度经济学仍有一系列基本理论问题，其实没有被解决或解答，这正是需要学者们重视和努力的。
　　制度经济学的迅猛发展也掀起了制度研究的热潮。这难免会出现制度分析泛化：关于什么什么的制度分析很多。事实上，作为一门成熟、自律的学科，制度经济学应该界定其制度分析的边界，这样才能集中精力研究本学科的一些重大主题。制度经济学的解释范畴应集中在直接影响资源配置和财富演变的经济制度领域中，或适当地关注较为强烈地但却是间接地影响资源配置和财富演变的政治制度、习俗和惯例等。
通常认为，新古典制度学派是个体主义的方法论，演化制度学派是集体主义或群体主义的方法论。在新古典的制度变迁理论中，个体具有完全能动，能够通过理性算计将制度从一个均衡移向另一个均衡。由于制度变迁是由个体理性算计形成，一些引起制度变迁的重要因素被视为外生变量，通常还存在多重均衡，很难描述具体的变迁路径。相反，一些演化
　　理论则走向另一个极端，认为个体在制度演化过程中是没有能动和无意识的，制度变迁是由某种凌驾于个体意识之上的系统（集体或群体）动力驱动的。
　　显然，对于存在认知主体的人类制度演化而言，这两种理论都比较极端。前者过分强调了人类的理性和目的性，后者过分强调人类的无知和结构功能。因此，在传统的制度研究中，普遍存在着个体主义和集体主义方法论上的紧张和冲突。进化理性主义为制度分析提供了一个很好的方法论视角，因为个体的理性总是在不断试错、调整和适应的过程中得到进化的。人们对于制度起源通常持建构和演化二元观。新古典学派认为制度是由行动者通过理性算计建构形成的，演化学派认为制度是由长期的无意识演化选择生成的。建构和演化被普遍认为是对立的。
　　演化和建构也并非完全对立或绝对不可交流。可能要关注制度的不同层面、制度的长期和短期。短期的和具体的制度，人们往往可以构建，而长期的基本的制度却往往难以构建，或构建的努力常常失败。实际上，一些从短期看来具有明显建构特征的制度可能是长期演化的结果。演化似乎也为建构设定了标准，只有符合演化趋势的建构才更具有适应性。随着互动中认知的进化，许多原先无意识或难于用言语表达的默会知识或局部知识，会逐渐变成标准化的编码知识或共同知识，自发演化形成的非正式制度随之被构建成正式的制度。
　　一旦引入认知进化的因素，演化和构建表面上的不和谐就可能消失。因此，任何建构都是局部和短期的均衡，是长期演化过程中的某一个驻点。