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在蓝译编译看来，任何创新都并非一个阶段性的自发自在的瞬间过程，而是一个全局性、整体性和长久性的自觉自为的持续过程；不是一个单因素、单层面的孤立行为，而是多因素、多层面整合的系统运行状态。这也完全符合科研论文写作的规律。因此，要想写好科研论文，必须着眼于科研论文写作的全过程，它包括科研选题、资料收集、科研实践和论文撰写。
如果仅着眼于论文的具体撰写过程，那么科研论文的写作就会成为无源之水，无本之木，是断然写不出高水平的科研论文来的。因此，创新思维也就必须贯穿于科研论文写作的全过程，其中尤其要特别注意的是科研选题、科研进展和科研总结即论文撰写三个阶段创新思维的运用。
一、科研选题阶段。科研选题是科学研究首先要解决的问题，它决定后续的科研设计和科研工作开展的全过程。因此，科研选题也是科研工作中起战略决策作用的重要环节，直接影响到今后科研水平的高低和效率的优劣乃至于科研的成败。如果选题不当，会对以后的科研工作造成很大的困难，甚至会给整个研究过程带来无法挽救的损失。
通常，在科研选题时，首先要进行调查研究，特别是对国内外文献的调查，然后尽其可能提出多种研究课题的设想，再精心选择出一个最适宜的研究课题；或者是对前人的研究进行剖析，然后对各家之长进行整合，避开各家的弊端，提出一个最佳的研究课题，以实现新的突破；或者是对过去的研究结果或理论产生质疑，提出新的科学假说，然后设法去进行论证，得出全新的结论，等等。这些都是在科研选题阶段常见的创新思维过程。
二、科研进展阶段。科研进展阶段会出现各种各样的情况，因此创新思维的运用也呈现纷繁复杂的情景，但如果认真对这些情况作条分缕析，还是可以从中发现一些规律的。例如，有创造学家曾对发明创造的规律作了精辟的归纳，认为通常发明创造有以下几个阶段：一是长时间的思考探索，鲜有明显进展；二是偶遇促发事件；三是引发顿悟和认识的飞跃，实现突破。
三、科研论文写作阶段。这是科研实现创新的最后阶段，因为科研论文写作的一个十分重要的功能就是实现科技创新。对此，不少科技论文的作者并没有真正意识到这一点。实际上，许多情况下科研论文的写作不是简单、原始地反映科学研究的实践。科学研究实践所得到的感性认识、第一手材料和原始数据等，必须运用创新思维的方法进行分析、比较、综合、归纳、推理、总结，才能得到科技含量高的科研成果。
仅得到了科研资料和数据还难以写出高质量的论文甚至写不出论文，只有通过创新思维过程，充分挖掘资料和数据中蕴含的科学内涵，才能实现突破。这也是为什么同样辛辛苦苦做研究，但写出的论文水平大相径庭的关键所在。
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