请问在R中，如何给谱聚类确定最佳聚类个数？

llb_321 发表于 2021-5-18 20:52
这个包里也有计算similarity matrix的函数
Ng谱聚类算法
method Numerical value: 1 = default eigengap ...

好的，非常感谢您的帮助。

1. #计算径向基核函数
   
2. calRBF<-function (data, n = 5)
   
3. {
   
4.   data <- as.matrix(data)
   
5.   nelts <- dim(data)[1]
   
6.   d <- dim(data)[2]
   
7.   means <- apply(data[, 1:d], 2, mean)
   
8.   sds <- apply(data[, 1:d], 2, sd)
   
9.   sds[sds == 0] <- 1
   
10.   data[, 1:d] <- sweep(data[, 1:d], 2, means, "-")
    
11.   data[, 1:d] <- sweep(data[, 1:d], 2, sds, "/")
    
12.   kern <- as.matrix(dist(data[, 1:d]))
    
13.   sigmas <- sapply(1:nelts, function(i) {
    
14.     dummy <- sort(kern[i, ])
    
15.     return(median(dummy[1:n]))
    
16.   })
    
17.   sigmamat <- as.matrix(sigmas) %*% t(as.matrix(sigmas))
    
18.   kern <- exp(-(kern^2)/sigmamat)
    
19.   return(kern)
    
20. }

复制代码

llb_321 发表于 2021-5-18 20:52
这个包里也有计算similarity matrix的函数
Ng谱聚类算法
method Numerical value: 1 = default eigengap ...

好的，谢谢您，我试一试去

llb_321 发表于 2021-5-18 20:52
这个包里也有计算similarity matrix的函数
Ng谱聚类算法
method Numerical value: 1 = default eigengap ...

好的，谢谢您，我试一试去

owenqi 发表于 2021-5-18 11:52
如何定义“最佳”?建议你明确这个概念以后，在使用层次聚类去选择

好的好的，非常感谢您。

llb_321 发表于 2021-5-19 14:37

您好，请问您这段代码中的n表示什么，是数据点个数吗？

llb_321 发表于 2021-5-19 14:37

您好，再打扰一下，这个运行结果是数据点的相似矩阵吗