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请教各位朋友，我在绘制分面图时遇到问题：1.每个子图有10个分类项目，为何Y轴有40项（4大类/子图项目的总和），如何使每个子图的Y轴只显示对应的10个项目？
2.每个数据的Y轴标签，前面已经截短了，如何显示？多谢朋友们！

1. go_enrich_df <- read.table('go_enrich_df.txt', sep ='\t', header=T)
   
2. 
   
3. ## numbers as data on x axis
   
4. go_enrich_df$number <- factor(rev(1:nrow(go_enrich_df)))
   
5. 
   
6. ## shorten the names of GO terms
   
7. shorten_names <- function(x, n_word=4, n_char=40){
   
8.   if (length(strsplit(x, " ")[[1]]) > n_word || (nchar(x) > 40))
   
9.   {
   
10.     if (nchar(x) > 40) x <- substr(x, 1, 40)
    
11.     x <- paste(paste(strsplit(x, " ")[[1]][1:min(length(strsplit(x," ")[[1]]), n_word)], collapse=" "), "...", sep="")
    
12.     return(x)
    
13.   }
    
14.   else
    
15.   {
    
16.     return(x)
    
17.   }
    
18. }
    
19. 
    
20. labels <- (sapply(
    
21.   levels(factor(go_enrich_df$Term))[as.numeric(go_enrich_df$number)],
    
22.   shorten_names))
    
23. names(labels) <- rev(1:nrow(go_enrich_df))
    
24. 
    
25. library(ggplot2)
    
26. p <- ggplot(data=go_enrich_df, aes(x=FoldEnrichment, y=Term, fill=PValue, size = GeneNumber)) +
    
27.   geom_point(shape=21, colour="black", alpha=0.95) +
    
28.   # facet_wrap(type ~ ) +
    
29.   facet_grid(type ~ .) +
    
30.   # scale_fill_gradient2(low="blue",　high = "red") +
    
31.   # scale_fill_manual(values = CPCOLS) +
    
32.   theme_bw() +
    
33.   scale_y_discrete(labels=labels) +
    
34.   theme(axis.text=element_text(face = "bold", color="gray50")) +
    
35.   labs(y = "GO term /KEGG Pathway", title = "Enriched GO Terms /KEGG Pathway") # color = PValue, size = GeneNumber,
    
36. 
    
37. p

复制代码

go_enrich_df.txt (3.73 KB)

2021-7-5 23:15:53 上传

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关键词：ggplot2 gplot plot GPL enrich

第一个问题，你在第29行修改一下，

1. facet_grid(type ~ ., scales = "free_y")

复制代码

第二个问题，没看懂你本来想要做什么，貌似你写的函数输入和输出没有达到你函数名字的设想。

owenqi 发表于 2021-7-7 10:00
第一个问题，你在第29行修改一下，

第二个问题，没看懂你本来想要做什么，貌似你写的函数输入和输出没有 ...

多谢朋友指点，第一个问题完美解决。第二个问题，就是想让图片左边那一排排的文字（应该是坐标轴刻度标签？），长度变短一些。绘图代码的前面不是有个shorten  names函数吗，就是截断y轴变量名字的。刚接触绘图，这段代码是以其它代码为模板改的，有些地方还不太清楚。手机回的，shorten  names可能和代码里不完全一致，见谅。再次感谢！

EveIOU 发表于 2021-7-8 08:52
多谢朋友指点，第一个问题完美解决。第二个问题，就是想让图片左边那一排排的文字（应该是坐标轴刻度标签 ...

我说的意思是，我没明白你shorten_names这个函数具体截短的逻辑是什么，是只取前面四个字母吗？还是怎么样？你最终想要的效果是什么？

owenqi 发表于 2021-7-8 12:19
我说的意思是，我没明白你shorten_names这个函数具体截短的逻辑是什么，是只取前面四个字母吗？还是怎么样 ...

照搬别人的代码，其实我也不太明白，感觉是不是这样: 保留4个单词或40个字母，超出的部分截掉。
可以忽略这个函数，其他函数也能达到截短字符的目的，比如stringr包里的函数。我想请教的重点是: 如果想改y轴左边那一排排的文字，是不是应该设置坐标轴刻度标签？scale_y_discrete(labels = )？多谢！

EveIOU 发表于 2021-7-8 15:42
照搬别人的代码，其实我也不太明白，感觉是不是这样: 保留4个单词或40个字母，超出的部分截掉。
可以忽略 ...

是的.....