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参考文献是学术期刊论文不可或缺的重要部分，通过阅读参考文献，可以看出作者对他人研究成果的借鉴情况，反映了作者研究的起点、深度和广度，体现了论点的新颖性及作者的研究水平。因此，准确、完整、规范地著录参考文献显得非常重要。但有些作者由于著录文献的意识比较薄弱，对参考文献的著录形式和规范都不够了解，故而存在一些问题。下面，医晋通编译就学术期刊论文参考文献著录格式存在的问题进行归纳分析。
一、著录顺序编码问题。参考文献标注法大多采用顺序编码制，但在引用同一著者的同一文献方面存在不符合国家标准的问题。按规定，多次引用同一著者的同一文献时，在正文中标注首次引用的文献序号，并在序号的“[]”外著录引文页码。
二、主要责任者姓名著录问题。主要责任者是必备的著录项，这方面问题主要有欧美著者的中译名著录、拼音书写不规范等。按规定，个人著者采用姓在前名在后的著录形式；欧美著者的名可用缩写字母，缩写名后省略缩写点；欧美著者的中译名只著录其姓；用汉语拼音书写的人名，姓全大写，其名可缩写，取每个汉字拼音的首字母。
三、标识符号使用问题。根据国家标准，参考文献中使用的著录符号有9种，其中出现错误次数较高的是“:”的使用。按规定，是用于其他提名信息、出版者、引文页码、析出文献的页码前。其他提名信息包括“副题名，说明题名文字，多卷书的分卷书名、卷次、册次、专利号，报告号，标准号等”，存在的问题主要是对于其他题目信息的内容不够了解。
四、引文参考文献页码问题。按规定，参考文献可分为阅读型参考文献和引文参考文献。阅读型参考文献是“著者为撰写或编辑论著而阅读过的信息资源，或供读者进一步阅读的信息资源”，引文参考文献是“著者为撰写或编辑论著而引用的信息资源”。二者要标注的页码范围是不一样的，阅读型参考文献的页码著录“文章的起讫页或起始页”，引文参考文献的页码著录“引用信息所在页”。
五、出版项缺失问题。出版项包括出版地、出版者、出版年、页码、报纸的出版日期与版次等内容。其中存在问题较多的主要是学术论文的出版地和报纸的版次等。按规定，学位论文的著录格式与专著相同，应包括出版地、出版者、出版年等内容；凡是从报纸中析出的文献，应在报纸名后著录其出版日期和版次。
六、连载文献著录格式问题。连载文献著录格式存在的问题，主要是将属于同一作者在同一期刊上连载的文献分项著录。按规定，凡是在同一期刊上连载的文献，其后续部分不必另行著录，可在原参考文献后直接注明后续部分的年、卷、期、页码等。
七、电子文献中存在的问题。电子文献著录格式中存在的问题除日期缺失外，还有将更新或修改日期和引用日期的表示符号颠倒，以及只有更新或修改日期，却缺少必备的引用日期等。按规定，电子资源的著录格式是“主要责任者. 题名: 其他题名信息[文献类型标识/文献载体标识](任选). 出版地: 出版者, 出版年; 引文页码(更新或修改日期)[引用日期]. 获取和访问路径. 数字对象唯一标识符.”
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