用a将Trp-cage折叠到NMR分辨原生结构 粗粒度模型

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摘要翻译：
我们建立了一个简化的氨基酸相互作用势的粗粒蛋白质模型。我们执行离散分子动力学折叠模拟一个小的20残基蛋白质-Trp-cage-从一个完全扩展的构象。我们证明了Trp-cage模型在2angstrom主干均方根距离(RMSD)内与相应的NMR结构一致地达到构象的能力。模拟中Trp-cage构象的最小RMSD可小于1.00埃。我们的发现表明，至少对于Trp-cage的情况，一个具有物理分子力学力场的详细的全原子蛋白质模型是不需要达到蛋白质的自然状态的。我们的结果还表明，在我们的模拟和已报道的全原子分子力学模拟研究中，Trp-cage折叠的成功可能主要是由于这种微型蛋白特有的特殊稳定特性。
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英文标题：
《Folding Trp-cage to NMR resolution native structure using a
  coarse-grained model》
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作者：
Feng Ding, Sergey V. Buldyrev, Nikolay V. Dokholyan
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最新提交年份：
2004
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分类信息：

一级分类：Physics        物理学
二级分类：Biological Physics        生物物理学
分类描述：Molecular biophysics, cellular biophysics, neurological biophysics, membrane biophysics, single-molecule biophysics, ecological biophysics, quantum phenomena in biological systems (quantum biophysics), theoretical biophysics, molecular dynamics/modeling and simulation, game theory, biomechanics, bioinformatics, microorganisms, virology, evolution, biophysical methods.
分子生物物理、细胞生物物理、神经生物物理、膜生物物理、单分子生物物理、生态生物物理、生物系统中的量子现象（量子生物物理）、理论生物物理、分子动力学/建模与模拟、博弈论、生物力学、生物信息学、微生物、病毒学、进化论、生物物理方法。
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一级分类：Physics        物理学
二级分类：Other Condensed Matter        其他凝聚态物质
分类描述：Work in condensed matter that does not fit into the other cond-mat classifications
在不适合其他cond-mat分类的凝聚态物质中工作
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一级分类：Physics        物理学
二级分类：Soft Condensed Matter        软凝聚态物质
分类描述：Membranes, polymers, liquid crystals, glasses, colloids, granular matter
膜，聚合物，液晶，玻璃，胶体，颗粒物质
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一级分类：Physics        物理学
二级分类：Statistical Mechanics        统计力学
分类描述：Phase transitions, thermodynamics, field theory, non-equilibrium phenomena, renormalization group and scaling, integrable models, turbulence
相变，热力学，场论，非平衡现象，重整化群和标度，可积模型，湍流
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一级分类：Physics        物理学
二级分类：Computational Physics        计算物理学
分类描述：All aspects of computational science applied to physics.
应用于物理学的计算科学的各个方面。
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一级分类：Quantitative Biology        数量生物学
二级分类：Other Quantitative Biology        其他定量生物学
分类描述：Work in quantitative biology that does not fit into the other q-bio classifications
不适合其他q-bio分类的定量生物学工作
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英文摘要：
  We develop a coarse-grained protein model with a simplified amino acid interaction potential. We perform discrete molecular dynamics folding simulations of a small 20 residue protein - Trp-cage - from a fully extended conformation. We demonstrate the ability of the Trp-cage model to consistently reach conformations within 2angstrom backbone root-mean-square distance (RMSD) from the corresponding NMR structures. The minimum RMSD of Trp-cage conformations in the simulation can be smaller than 1.00angstrom. Our findings suggest that, at least for the case of Trp-cage, a detailed all-atom protein model with a physical molecular mechanics force field is not necessary to reach the native state of a protein. Our results also suggest that the success folding Trp-cage in our simulations and in the reported all-atom molecular mechanics simulations studies may be mainly due to the special stabilizing features specific to this miniprotein.
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PDF链接：
https://arxiv.org/pdf/physics/0405134

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关键词：cage CAG Age NMR Quantitative Trp coarse 主干 RMSD 动力学