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现代物流作为一种生产性服务，涉及的税费很多，其中增值税和企业所得税占到了很大比例。而增值税与企业所得税是我国物流企业税负高、利润低的两大障碍。降低税负，控制成本，是当前我国物流企业面临的一个重要问题。
物流企业税收普遍存在的问题：
一、成本发票很难取得
中小规模的物流公司，拥有自己的汽车和驾驶员数量相对较少，而物流公司通常会与个体驾驶员、散户车队进行合作，而不会签订劳动合同和卡车租赁合同。这部分雇佣司机和出租货车的费用是实际发生的，但是由于缺乏合法的发票，不能作为成本，造成了企业的利润增加，增加了企业的税收负担。
二、缺少增值税进项税额
企业由于大部分车辆并非自有，无法取得进项发票抵扣。企业进项结构包括燃油、机动车购买、维修保养、场地租赁等，像货运司机、装卸工这些人工成本一般情况下是难以取得增值税专用发票作为进项抵扣的。从总体情况来看，物流企业的进项总额不到销项的60%，导致增值税进项抵扣缺口大。
三、股东分红多
物流公司要缴纳25%的所得税，而在此之后，股东们还要多交20%的个人所得税，这无疑会给薄利的物流带来更大的税收负担。
物流企业税负高、缺进项成本票，需要做专业的税务筹划，政府也出台了一系列的政策，比如税优惠政策、地方的扶持等。还可以试试从以下几个方法缓解企业的压力：
1.合规取得物流成本票，确保税务合规
部分网上货运平台为个人驾驶员提供了带票的运输方案，为物流公司合法获取个人驾驶员的运输发票，从而规避了“白条”的风险，确保了数据的真实性，保障了税收的合规性。但是物流行业的发票本就很难取得，要做到这一点无疑是比较困难的。
2.利用总部经济，享受税收优惠政策
企业税负过重，可以利用地方政府出台的税收扶持政策，地方对注册企业的增值税以地方留存的40%~80%扶持奖励；企业所得税以地方留存的40%~80%给予扶持奖励。财政扶持按月返还，当月纳税，次月扶持奖励。利用税收扶持奖励，虽不能降低企业的税负，但每年能为企业增加利润。
3.设立个人独资企业或个体工商户
企业设立个人独资企业和个体工商户，申请核定征收的，核定之后税率在1%左右，还可开具普通发票免征增值税及附加税。这种方式大大降低了企业的税负。
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