根据你给的文献jd empi.pdf
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作者是用matlab实证
burn=2000,iterations=3000,
为了要画page 19/47 Jump Probability图形,这也是恰巧合理.
因为Xiy matrix 3849 x 3000,就已近 300 Mb,
若iterations增加到10000,
一般软件无法读入及处理这么大的文件
R就无法处理,底下图形我是在matlab画的.
package "R2WinBUGS"顾名思义
就是R & Winbugs 的桥梁
通过R及package "coda"可以进一步检验模型及画图
如:gelman.diag() Gelman and Rubin's convergence diagnostic
library(coda)
out=as.mcmc.list(JD1.sim)
gelman.diag(out)
Potential scale reduction factors:
Point est. Upper C.I.
deviance 1.04 1.12
lambday 1.04 1.12
mu 1.00 1.00
muy 1.00 1.00
sig 1.02 1.06
sigy 1.07 1.27
tau 1.02 1.05
tauq 1.06 1.23
########gelman.plot
gelman.plot(out)
########chain=2,burn in=2000,iter=5,000 result
########Node statistics
node mean sd MC error 2.5% median 97.5% start sample
deviance8192.0 109.6 6.519 7971.0 8195.0 8401.0 2001 6000
lambday 0.05502 0.0084615.251E-4 0.03947 0.05464 0.07272 2001 6000
mu 0.07177 0.01326 2.825E-4 0.04573 0.07179 0.09771 2001 6000
muy -0.4368 0.2444 0.01728 -0.9498 -0.4286 0.0098152001 6000
sig 0.7349 0.01331 6.43E-4 0.7098 0.7348 0.761 2001 6000
sigy 2.883 0.2375 0.01903 2.47 2.873 3.376 2001 6000
tau 1.854 0.06707 0.003248 1.727 1.852 1.985 2001 6000
tauq 0.06615 0.0099737.981E-4 0.04893 0.06544 0.08696 2001 6000
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