如何通过进化树提取物种分化时间

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有了进化树，见图

怎么通过R语言提取分化时间

里面材料和方法中介绍“We extracted the divergence time of genera from a megaphylogeny of plants, which provides the time from the divergence of a genus to the present, to ensure we could account for the effects of evolutionary history in our analyses (Qian & Jin, 2016  An updated megaphylogeny of plants, a tool for generating plant phylogenies and an analysis of phylogenetic community structure. Journal of Plant Ecology, 9, 233–239).”

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关键词：提取物 Evolutionary DIVERGENCE generating Community

用r语言的这几个包，已经安装了`ape`包和`phangorn`包。如果没有安装，可以使用以下命令进行安装：
```R
install.packages("ape")
install.packages("phangorn")
```
导入所需的包：
```R
library(ape)
library(phangorn)
```
读取进化树数据。假设你的进化树数据保存在一个Newick格式的文件中
```R
tree <- read.tree("tree_file.nwk")
```
提取分化时间，需要提取属的分化时间。
div_time <- dist.topo(tree)  # 计算拓扑距离
div_time <- as.data.frame(div_time)  # 转换为数据框
div_time$genus <- tree$tip.label  # 添加属的信息
colnames(div_time) <- c("divergence_time", "genus")  # 设置列名
```
就可以得到一个包含属的分化时间的数据框`div_time`。

sun_man 发表于 2023-10-27 09:52
用r语言的这几个包，已经安装了`ape`包和`phangorn`包。如果没有安装，可以使用以下命令进行安装：
```R
...

您好，非常感谢您的回答，我目前也在提取属水平的物种分化时间，但是在运行到div_time <- dist.topo(tree)代码时，出现了以下报错
Error in x[[1]]$tip.label : $ operator is invalid for atomic vectors
特向您求教解决方案，非常感谢~