楼主: djhvdeu
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[问答] 求助大佬们easyTCGA函数整合GTEX和TCGA时报错了怎么搞 [推广有奖]

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djhvdeu 发表于 2023-11-11 13:28:50 |AI写论文

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如题,我用=想进行单基因泛癌分析,但在整合GTEX和TCGA数据库的时候出现了问题
报错如下

[size=13.3333px]Error in data.table::fread(tcga_clin_file) :
[size=13.3333px]  input= 必须是以下其中一种字符串: 一个文件名, 一个含有不少于一个空格的系统命令, 以'http://','ftp://' 或 'file://' 开头的URL, 或是本身就包含至少一个\n 或 \r的输入数据

之后我检查了[size=13.3333px]tcga_clin_file[size=13.3333px]文件的读入,我是用“[size=13.3333px]tcga_clin_file <-fread(file="Survival_SupplementalTable_S1_20171025_xena_sp",header=T)[size=13.3333px]”读的,因为这个文件没有显示任何扩展名
[size=13.3333px]

[size=13.3333px]接下来我以为不能直接读,所以把原文件另存为txt和csv后分别用read.table和fread函数试了,还是不行,现在彻底不会了,请教一下各位大佬该咋办
二维码

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关键词:Easy CGA TCG EAS TeX

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