超深焦磷酸测序分析HBV准种异质性及其与拉米夫定抗病毒治疗应答的关系

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超深焦磷酸测序分析HBV准种异质性及其与拉米夫定抗病毒治疗应答的关系
背景与目的：本课题组之前采用克隆测序（clone-based sequencing，CBS）的方法研究发现乙型肝炎病毒（hepatitis B virus, HBV）逆转录酶（reverse transcriptase, RT）区准种异质性可作为接受核苷类似物治疗的患者抗病毒疗效的一个预测指标。第二代测序技术可进行皮升（picoliter）规模的高通量平行反应以检测单个DNA分子，无需克隆这一费时繁琐的步骤。
本研究首先通过比较超深焦磷酸测序（ultra-deeppyrosequencing UDPS），一种新的第二代测序技术，和CBS两种方法分析乙型肝炎病毒RT准种，结合生物信息学分析方法描述准种遗传异质性特征，探讨两种方法分析HBV生物多样性的表现力差异及其可能的临床意义。在此基础上，应用高通量UDPS方法检测拉米夫定抗病毒治疗早期阶段HBV RT区准种的动态变化，探讨病毒准种因素对抗病毒治疗应答的影响。
研究对象与方法：本研究的第一部分纳入了31例未接受过抗病毒药物治疗的慢性乙型肝炎患者，收集患者血清，抽提HB ...

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关键词：异质性 Sequencing Transcript Reverse script