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底栖有孔虫分子多样性及其环境特征研究初探
为探索不同海区类型沉积物中底栖有孔虫的分子多样性及与环境因子之间的相互关系,本研究从潮间带、海湾、陆架浅海一直到深海大洋区,共采集了81个站位或季节的共计243个样品。提取环境样品的总DNA,利用有孔虫特异性引物(s14F3-s17)扩增其18S rRNA基因3’端的一个高变区(大约300 bp),使用Illumina HiSeq 2500测序平台进行双端250 bp测序。
此外,为探索不同DNA提取和染色方法对有孔虫分子鉴定研究的影响,本论文进行了有孔虫单种实验方法学研究。具体工作包括如下:1.DNA提取和染色方法对有孔虫分子鉴定研究的影响研究以野外采集的钙质瓷质壳类底栖有孔虫五玦虫属Quinqueloculina spp.(Foraminifera,Miliolida)为研究材料,研究经虎红染色后虫体的DNA质量,以此评估虎红染色对有孔虫分子实验的影响。
通过方法学的摸索可知,经1 g/L虎红染色36 hrs的大部分瓷质壳类底栖有孔虫样本可以成功提取到DNA,并且可以用于下游的PCR等分子实验。2.青岛湾潮间带底栖有孔虫分子多样性月变动及与 ...

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关键词：多样性 Illumina Mini Rami 影响研究