请教R中运行WINbugs问题

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我的程序运行后有这样的错误提示：
错误于is.finite(x) : 没有为'list'类型实现默认的方法，这是什么意思？
> # R code with interface to Winbugs
>
> library(R2WinBUGS)   
> y<-read.table("D:/Bugs/jump.dat",header=TRUE)    #import data#
> N<-length(y)
> Xi0<-rep(0,N)   # Give initial values to state variables#
> J0<-rep(0,N)
> data<-list("N","y")  
> # Give initial values to the parameters for winbugs #
> inits <-function() {list ( tau=2,
+                    Jtau=2,
+                    mu=0,
+                    Jmu=0,
+                    lamda = 0.05, Xi=Xi0,J=J0)}
> parameters<- c("Sigma","JSigma","mu","Jmu","lamda","Xi","J")
> # quote the winbugs#
> jump.sim<-bugs (data, inits=inits, parameters, "model.bug", n.chains=3, n.iter=1000,debug=TRUE,
+                      DIC=TRUE,bugs.directory = "D:/Program Files/WinBUGS14/",working.directory = "D:/Bugs")
错误于is.finite(x) : 没有为'list'类型实现默认的方法
>

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关键词：winbugs WINBUG BUGS bug Win interface library initial values 程序

y<-read.table("D:/Bugs/jump.dat",header=TRUE)    #import data#
y=y[,1]

epoh 发表于 2012-4-28 16:19
y

按照您的建议修改后又提示：
错误于FUN(X[[2L]], ...) : 不能改变因子的存储方式，这又是什么原因呢？

铤而走险 发表于 2012-4-28 21:32
按照您的建议修改后又提示：
错误于FUN(X[[2L]], ...) : 不能改变因子的存储方式，这又是什么原因呢？

Error in FUN(X[[2L]], ...) :
  invalid to change the storage mode of a factor

这是数据格式问题
你数据传上来看看

epoh 发表于 2012-4-28 22:09
Error in FUN(X[[2L]], ...) :
  invalid to change the storage mode of a factor

该程序是论坛上别人分享的，模型部分如下所示，数据在附件里，这是txt 格式的。请您帮忙看看到底问题在哪里！
modle {
     for (i in 1:N) {
              y ~dnorm(r,tau)    # tau corresponding to  
       r<-mu+Xi*J            # Xi corresponding to  #
       Xi[t]~dnorm(Jmu,Jtau)
        J[t]~dbern(lamda)
}
         Sigma<-1/sqrt(tau)
         JSigma<-1/sqrt(Jtau)
           mu~dnorm(0,1)       # prior distributions for parameters
           tau~dgamma(2, 2)
           Jmu~dnorm(0,1)
           Jtau~dgamma(2,2)
          lamda~dbeta(2,2)

} jump.txt (5.52 KB)

2012-4-29 09:05:52 上传

铤而走险 发表于 2012-4-29 09:06
该程序是论坛上别人分享的，模型部分如下所示，数据在附件里，这是txt 格式的。请您帮忙看看到底问题在哪 ...

我把y<-read.table("d:/Bugs/jump.dat")改为：y<-read.table("d:/Bugs/jump.txt")后可以运行了，但是Winbugs中什么结果也没有，运行的log 中视如下记录的，说各个参数都是update cannot be excuted,想请教是否程序本身有问题：
expected left pointing arrow <- or twiddles ~
data(D:/Bugs/data.txt)
command #Bugs:data cannot be executed (is greyed out)
compile(1)
inits(1,D:/Bugs/inits1.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
gen.inits()
command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out)
thin.updater(5)
update(1000)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
set(Sigma)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(JSigma)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(mu)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(Jmu)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(lamda)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(Xi)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(J)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(deviance)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
dic.set()
command #Bugs:dic.set cannot be executed (is greyed out)
update(1000)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
coda(*,D:/Bugs/coda)
command #Bugs:coda cannot be executed (is greyed out)
stats(*)
command #Bugs:stats cannot be executed (is greyed out)
dic.stats()

DIC
history(*,D:/Bugs/history.odc)
command #Bugs:history cannot be executed (is greyed out)
save(D:/Bugs/log.odc)
save(D:/Bugs/log.txt)

铤而走险 发表于 2012-4-29 09:06
该程序是论坛上别人分享的，模型部分如下所示，数据在附件里，这是txt 格式的。请您帮忙看看到底问题在哪 ...

1. modle {
   
2.      for (i in 1:N) {
   
3.      y[i] ~dnorm(r[i],tau)   
   
4.      r[i]<-mu+Xi[i]*J[i]      
   
5.      Xi[i]~dnorm(Jmu,Jtau) # normally distributed jump-sizes
   
6.      J[i]~dbern(lamda)     # jumps-times Bernoulli distributed
   
7. }
   
8.      Sigma<-1/sqrt(tau)
   
9.      JSigma<-1/sqrt(Jtau)
   
10.      # prior distributions for parameters
    
11.      mu~dnorm(0,1)      
    
12.      tau~dgamma(2, 2)
    
13.      Jmu~dnorm(0,1)
    
14.      Jtau~dgamma(2,2)
    
15.      lamda~dbeta(2,2)
    
16. }

复制代码

epoh 发表于 2012-4-29 10:06

您好！很抱歉又要打扰您！
按照您的模型运行后，调出Winbugs运行时还是没有参数估计出来，问题还是那样！
R中的错误提示是：
Error in file(con, "wb") : 无法打开链结
此外: 警告信息：
1: In file.create(to[okay]) :
  鐢变簬'Permission denied'鐨勫師鍥狅紝鏃犳硶寤虹珛'D:/Program Files/WinBUGS14//System/Rsrc/Registry_Rsave.odc'鏂囦欢
2: In file(con, "wb") :
  无法打开文件'D:/Program Files/WinBUGS14//System/Rsrc/Registry.odc': Permission denied
错误于bugs.run(n.burnin, bugs.directory, WINE = WINE, useWINE = useWINE,  :
  Look at the log file and
try again with 'debug=TRUE' to figure out what went wrong within Bugs.
此外: 警告信息：
运行命令'"D:/Program Files/WinBUGS14//WinBUGS14.exe" /par "D:/Bugs/script.txt"'的状态是1

铤而走险 发表于 2012-4-29 10:23
您好！很抱歉又要打扰您！
按照您的模型运行后，调出Winbugs运行时还是没有参数估计出来，问题还是那样！ ...

library(R2WinBUGS)   
y<-read.table("D:/Bugs/jump.txt")    #import data#
y=y[,1]
t=length(y)
y=100*(log(y[2:t])-log(y[1:(t-1)]))
N<-length(y)
Xi0<-rep(0,N)   # Give initial values to state variables#
J0<-rep(0,N)
data<-list("N","y")  
# Give initial values to the parameters for winbugs #
inits <-function() {list ( tau=2,
                          Jtau=2,
                          mu=0,
                          Jmu=0,
                          lamda = 0.05, Xi=Xi0,J=J0)}
parameters<- c("Sigma","JSigma","mu","Jmu","lamda","Xi","J")

jump.sim<-bugs (data, inits=inits, parameters, "model.bug", n.chains=1, n.thin=1,
                n.iter=10000,n.burnin=5000,debug=TRUE,DIC=TRUE,
                bugs.directory = "D:/WinBUGS14/",working.directory = "D:/Bugs")

attach.bugs(jump.sim)
print(jump.sim,digits=4)

#################
Inference for Bugs model at "model.bug", fit using WinBUGS,
1 chains, each with 10000 iterations (first 5000 discarded)
n.sims = 5000 iterations saved
              mean      sd      2.5%       25%       50%       75%     97.5%
Sigma       0.1627  0.0067    0.1500    0.1581    0.1626    0.1671    0.1762
JSigma      1.1700  0.0785    1.0350    1.1140    1.1650    1.2190    1.3440
mu          0.0499  0.0073    0.0354    0.0449    0.0498    0.0549    0.0640
Jmu         0.1773  0.0958   -0.0080    0.1123    0.1738    0.2392    0.3794
lamda       0.1990  0.0191    0.1630    0.1855    0.1989    0.2119    0.2375
Xi[1]       0.1654  1.1781   -2.1130   -0.6071    0.1267    0.9430    2.5780
Xi[2]       0.1736  1.1661   -2.1350   -0.5642    0.1355    0.9508    2.4491
Xi[3]       0.1747  1.1714   -2.1201   -0.6144    0.1444    0.9444    2.5400
.....
.....
J[804]      1.0000  0.0000    1.0000    1.0000    1.0000    1.0000    1.0000
J[805]      1.0000  0.0000    1.0000    1.0000    1.0000    1.0000    1.0000
J[806]      1.0000  0.0000    1.0000    1.0000    1.0000    1.0000    1.0000
deviance -788.9082 63.0674 -912.0050 -831.9250 -790.0000 -746.4000 -664.6875

DIC info (using the rule, pD = var(deviance)/2)
pD = 1988.7 and DIC = 1199.8
DIC is an estimate of expected predictive error (lower deviance is better).

epoh 发表于 2012-4-29 11:03
library(R2WinBUGS)   
y

非常感谢您，费心了，，还求出了收益率
但是很奇怪，为什么您能运行出来，我这就不行了。
我的Winbugs在D盘Program里，所以我把路径改为bugs.directory = "D:/Program Files/WinBUGS14/"
运行，怎么还是原来的提示，是不是我的Winbugs软件的问题，晕了！我再重装软件试试