创建热图
热图是绘制分组数据的一种标准方式。热图的基本概念是将图形划分为矩形或正方形,每个矩形或正方形代表数据表中的一个单元格、一行数据和一个数据集。矩形或正方形会根据表中该单元格的值进行颜色编码。GraphPad Prism提供了许多选项,以使热图更有用。
在分组表格中输入数据。大多数情况下,会希望在没有子列的情况下设置格式。在这种情况下,您输入的每个数字都会对应热图上的一个矩形。除非选择反转或转置坐标轴,否则热图上的颜色排列将与表格中的数字相对应。如果您的表格有三行四列,热图也会有三行四列。
如果在并排的子列中输入重复值,之后您可以选择热图是基于重复值的平均值、中位数还是几何平均值。您甚至可以选择创建变异热图,并使用标准差(SD)、变异系数百分比(%CV)或标准误差均值(SEM)作为热图的基础。
当您打开自动图形(或选择“新建”,基于现有数据创建图形)时,“新建图形”对话框会打开。选择“热图”选项卡,然后做出关于您想要创建的热图类型的基本选择。
颜色映射
映射重复值
如果您输入了重复值(并排输入),之后您可以选择热图是基于平均值、中位数还是集合平均值来绘制。甚至可以选择创建一个关于变异的热图,并基于重复值的标准差(SD)、变异系数百分比(%CV)或标准误差均值(SEM)来绘制热图。
颜色映射表和范围
有四种颜色映射表可供选择:
- 单梯度:选择要转换为颜色的值的范围以及颜色的范围。
- 灰度:可以选择黑色或白色代表较低的值,以及值的范围。
- 彩虹:选择数据值的范围。Prism通过将饱和度和亮度固定为100%,并将色调从0°变化到300°来选择颜色范围。使用彩虹颜色映射表时,最大的值显示为红色,如果您选择反向彩虹颜色映射表,最小的值编码为红色。
- 双梯度:选择基线值(几乎总是0.0)和颜色(通常是白色或黑色)。然后分别输入最大值(几乎总是正值)和对应的颜色,以及最小值(几乎总是负值)和对应的颜色。
- 分类:输入一个值或值的范围,以及您希望它显示的颜色。根据需要重复此操作。范围不能重叠。您不能有一个“1-2”的范围和另一个“2-3”的范围,因为这会使2.0000的编码方式变得不明确。相反,您可以这样做——一个范围为“1.0-1.99”,另一个为“2.0-2.99”。
超出映射范围
当值太大或太小而不在您定义的映射范围内,或者值为空白或被排除时,选择一种颜色来表示。当然,如果没有值超出范围、为空白或被排除,这些选择就无关紧要。为了使空白和被排除的值更明显,可以勾选一个选项,在这些单元格上绘制一个黑色的“X”。由于“X”始终是黑色的,所以应使用浅色来对这些单元格进行编码。
图形设置
边框和背景
选择页面背景颜色,以及每个单元格(方格)和整个热图周围边框的颜色和粗细。
大小和形状
可以设置整个热图的大小,在这种情况下,每个单元格的大小和形状将由该大小以及热图的行数和列数决定。或者,您也可以设置每个单元格的大小和形状,进而确定热图的整体大小。
顺序
可以选择反转列和/或行的顺序,或者转置行和列。
标签
选择是否在每个单元格中显示该单元格的数值(或平均值、中位数等),以及如何标记两个坐标轴。
如果您要在每个单元格中显示数值,可以为所有数值选择一种颜色,或者选择“自动”,这样颜色会根据单元格的颜色自动变为黑色或白色。在GraphPad Prism的Windows版本中,如上图所示,“自动”选项在“图形格式设置”对话框中。在GraphPad Prism的Mac版本中,“自动”选项在如下图所示的颜色选择器中。
标题
选择是否显示图形的总标题,或者两个坐标轴的标题,并选择标题的字体。
间隔
使用间隔有两个原因:
- 可以在所有单元格旁边和下方设置间隔,仅仅是因为您认为这样热图看起来更美观。这些间隔起到了边框的作用。
- 可以使用间隔对行和列进行分组,从而为热图赋予一定的结构。例如,热图左边部分可能代表一种细胞系,右边部分代表另一种细胞系。在它们之间设置间隔以便区分。
热图图例
图例是将颜色映射到数值的关键。
选择图例是水平还是垂直显示,以及是否添加边框,然后选择标注的间隔,并设置每个标签的位置和格式。


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