楼主: GraphPad_China
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GraphPad Prism 非线性回归教程 - 2 [推广有奖]

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示例:模糊拟合(量效关系)

1.创建数据表

从欢迎界面或“新建表格”对话框中,选择创建一个XY数据表,然后选择使用“教程数据”,并在药理学教程列表中选中示例数据“量效关系-模糊无约束拟合”。请注意,该选项位于示例数据集的下拉菜单中。


2.检查数据表


X值是摩尔浓度的对数值。Y值是响应值,以均值和标准差的形式输入。在Prism中,您既可以输入原始的重复数据,也可以输入在其他地方计算好的误差值(此处为SD)。


38.png


3.查看图表


由于这是您首次查看该图表,Prism会弹出更改图表类型对话框。请选择第一个选项,以绘制均值与误差棒,并选择您偏好的误差棒类型。


39.png


4.选择非线性回归分析

点击[分析]按钮,然后在XY分析列表中选择。


或直接点击非线性回归的快捷按钮。


40.png


5.选择模型


在非线性回归对话框的[拟合]标签页中,打开激动型量效方程面板,选择:log(agonist) vs. response -- Variable slope


41.png


6.选择检测“模糊”模型拟合


在非线性回归对话框的[置信度]标签页中,确保已勾选“识别‘模糊’拟合”选项(这已不再是默认选项,我们现在更推荐您使用“识别‘不稳定’参数”选项)。


42.png


在本示例中,请保留所有其他设置为默认值。


点击OK,即可在图表上看到叠加的拟合曲线。


7.检查图表


拟合曲线很好地穿过了数据点,看起来没有问题。


43.png


8.检查结果


进入结果页面,查看分析结果。


44.png


请注意结果顶部的“模糊”字样。这意味着Prism无法为这些数据找到唯一的拟合结果。许多组不同的参数值都能生成拟合效果几乎一样的曲线。

Prism没有报告logEC50或曲线下平台的置信区间,而是直接说明这些区间“非常宽”。这表明无法精确拟合这些参数。

尽管数据的Y值范围在100到600之间,但曲线下平台的最佳拟合值却是-1067。此外,logEC50的最佳拟合值也超出了数据的X值范围。


尽管拟合曲线与数据点非常接近(R2=0.9669),但这些最佳拟合参数值实际上是没有意义的。


9.约束曲线的下平台值

问题很简单。您要求Prism拟合四个参数:分别代表曲线的下平台、上平台、中点(EC50)和斜率。但数据并没有充分定义出曲线的下平台。实际上,Prism计算出的下平台最佳拟合值与数据范围相差甚远。

这些数据在计算时已扣除了基础非特异性响应。这意味着您知道,在激动剂浓度极低(X值很小)时,响应值(Y)应该为零。Prism需要知道这一点,才能更合理地拟合数据。


您不需要重新进行拟合。只需点击结果表左上角的按钮,即可返回非线性回归对话框。


45.png


切换到[约束]标签页,勾选“约束下平台参数为一个常数”,并将其值设置为0.0。


46.png


10.检视修正后的结果


现在结果变得合理了。LogEC50(半效浓度对数)处于X值范围的中间位置,置信区间也相当紧凑,当然,结果也不再“模糊不清”了。


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关键词:GraphPad 非线性回归 GRAPH Prism 线性回归

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