楼主: gaoyu_8848
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[问答] 问题,pheatmap和heatmap.2结果不一样 [推广有奖]

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楼主
gaoyu_8848 发表于 2012-10-9 17:08:41 |AI写论文

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对同一组数据聚类时发现,pheatmap和heatmap.2结果不一样,差别很大?是什么原因呢?
pheatmap(data, cluster_cols=FALSE,clustering_distance_row="correlation",clustering_method = "complete",color=colorRampPalette(c("green","black","red"))(100), revC=FALSE, scale="row", margins=c(5,10),fontsize_row=8,cellheight=10,cellwidth=30)


heatmap.2(data, col=redgreen(100),scale="row",margin=c(5,20),key=TRUE,density.info="none",trace="none",cexRow=0.7)



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关键词:HeatMap Heat ATM Eat Map black color

沙发
gaoyu_8848 发表于 2012-10-13 19:41:09
顶起来,pheatmap和heatmap.2的区别是什么呢?

藤椅
tjmedis 发表于 2012-11-26 11:24:49
是r的热图吗

板凳
堂彦枫 发表于 2012-12-6 15:22:58
都是用了scale=“row”这个参数了~~但是不加他其实聚类是一样的,但具体为什么,还不知道啊

报纸
DM小菜鸟 发表于 2014-12-12 14:05:25

使用Heatmap.2时,从你使用的参数来看,

没有预先对源数据进行ward方法的聚类处理,

导致在画图时和用Pheatmap画图时所用的过程数据是不一样的。

而Pheatmap在使用时参数里可以指定使用ward聚类方法,所以把源数据进行了预处理。

虽然都是从csv中提取的数据,但是:
Heatmap.2没对数据进行ward聚类处理,
Pheatmap对数据进行了ward聚类处理。
所以结果不一样。


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