楼主: wangying2121
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[问答] R语言绘制heatmap图 [推广有奖]

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wangying2121 发表于 2013-9-5 09:39:00 |AI写论文

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lnc heatmap class predict.png 我想将这些样本进行聚类分析,从数据进行聚类,看是否通过这些数据可将样本分成几类,不知怎样做,并且不知怎样将样本分好的类用不同的颜色表示patientcolors,请各位大神赐教!
library("ALL")
library(gplots)
require(graphics);require(grDevices)
data<-read.csv("E:\\R data\\后续分析\\16 pairs dealed data\\lnc T vs C subset larger 2 times.csv",header=T)
data1<-data[,25:40]
y<-as.matrix(data1)
png(file="lnc heatmap class predict.png", bg="transparent",width=600, height=600)

hv <- heatmap.2(y, col =greenred(75), scale = "column",
             labRow=F,
key=TRUE, symkey=FALSE, density.info="none", trace="none", cexRow=0.5)
dev.off()

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关键词:HeatMap Heat ATM Eat Map library require 样本

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沙发
DM小菜鸟 发表于 2014-12-12 14:39:46
聚类这种事情比较主观啦,看你要多细致或者多粗糙的分类
就数图上的线就可以了。
单元格颜色的话,可以用这样的命令——
col="heat.colors"

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