[学科前沿] 如何用R获取二代测序数据的Read depth？ [推广有奖]

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楼主

microtan 发表于 2013-1-22 06:22:42 |AI写论文

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我的输入是1个或多个bam文件和一系列的要算Read depth的区域如下

1:14467-14587
1:14639-14883
1:14943-15064
1:15671-15990
1:16591-16719
Y:2595298-2595418
Y:2601341-2601461
Y:2606003-2606363
……………………

请问如何算这些区域的RD那？注意是read depth而不是read count，exomeCOPY和exomeDepth两个R包算的似乎都是ReadCount。谢谢

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关键词：depth READ Dept EPT EAD count 如何

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沙发

mswsg 发表于 2013-1-22 22:48:06

我在分析xiaoRNA的数据，但是Read depth是什么？为什么要算？

藤椅

microtan 发表于 2013-1-23 00:06:29

mswsg 发表于 2013-1-22 22:48
我在分析xiaoRNA的数据，但是Read depth是什么？为什么要算？

Read depth是短读mapping后的密度，是二代测序的重要信号。RNA-seq也得算密度吧？

More information in detail:

MEAN (MAPPED) READ DEPTH(Given by illumina)
The mean mapped read depth (or mean read depth) is the sum of the mapped read depths at each reference base position, divided by the number of known bases in the reference. The mean read depth metric indicates how many reads, on average, are likely to be aligned at a given reference base position.
http://www.illumina.com/truseq/q ... e_distribution.ilmn