ape简单聚类问题

大家好！我打算在R中用ape包进行简单的聚类分析，具体的操作代码如下：

library(ape)
trnwk <- "((((Homo:0.21,Pongo:0.21):0.28,Macaca:0.49):0.13,Ateles:0.62)"
trnwk[2] <- ":0.38,Galago:1.00);"
tr <- read.tree(text = trnwk)
plot(tr)
axisPhylo()

这个代码是在参考书上找到的，我的数据和参考书上不同，我的物种数是15个，我有每两个物种的基于cytb分析的遗传距离，不知道该怎么将这些成对的遗传距离读入R程序中，做出聚类图，麻烦各位高手指点一二，先谢谢了！

遗传距离.xls (16.5 KB)

2013-10-22 15:33:49 上传

原始数据

用hclustr不行吗？

读excel文件有问题，转化为文本文件，b.txt

A<-read.table("D:/temp/b.txt")
d<-dist(A)
t <-hclust(d, "complete")
plot(t,hang=-1)

自己顶一下

后两图是附件，传错了，怎么删掉？？？

niu9146 发表于 2013-10-23 08:42
用hclustr不行吗？

读excel文件有问题，转化为文本文件，b.txt

谢谢您的回复，这个建树的方法很好，只是我要用APE包建树，然后用这个树进行下面的分析，单纯的hclustr建树还是满足不了后面的分析需要，谢谢您热心的回复，多谢！！