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(SpringerBriefs in Statistics ) Hans-Michael Kaltenbach (auth.)-A Concise Guide.pdf
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(SpringerBriefs in Statistics )
Hans-Michael Kaltenbach (auth.)-
A Concise Guide to Statistics
-Springer Berlin Heidelberg (2012)
Dr. Hans-Michael Kaltenbach
ETH Zurich
Schwarzwaldallee 215
4002 Basel
Switzerland
e-mail: hans-michael.kaltenbach@bsse.ethz.ch
ISSN 2191-544X e-ISSN 2191-5458
ISBN 978-3-642-23501-6 e-ISBN 978-3-642-23502-3
DOI 10.1007/978-3-642-23502-3
Springer Heidelberg Dordrecht London New York
Library of Congress Control Number: 2011937427
? Hans-Michael Kaltenbach 2012
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1 Basics of Probability Theory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.1 Probability and Events . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.2 Random Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
1.3 The Normal Distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
1.4 Important Distributions and Their Relations . . . . . . . . . . . . . . . 15
1.5 Quantiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
1.6 Moments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
1.6.1 Expectation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
1.6.2 Variance and Standard Deviation . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
1.6.3 Z-Scores. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
1.6.4 Covariance and Independence. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
1.6.5 General Moments; Skewness and Kurtosis . . . . . . . . . . . 22
1.7 Important Limit Theorems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
1.8 Visualizing Distributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
1.8.1 Summaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
1.8.2 Plotting Empirical Distributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
1.8.3 Quantile–Quantile Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
1.8.4 Barplots and Boxplots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
1.9 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2 Estimation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
2.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
2.2 Constructing Estimators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
2.2.1 Maximum-Likelihood . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
2.2.2 Least-Squares . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
2.2.3 Properties of Estimators. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
2.3 Confidence Intervals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
2.3.1 The Bootstrap. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
xi
2.4 Robust Estimation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
2.4.1 Location: Median and k-Trimmed Mean . . . . . . . . . . . . 43
2.4.2 Scale: MAD and IQR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
2.5 Minimax Estimation and Missing Observations. . . . . . . . . . . . . 46
2.5.1 Loss and Risk. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.5.2 Minimax Estimators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
2.6 Fisher-Information and Cramér-Rao Bound. . . . . . . . . . . . . . . . 49
2.7 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
3 Hypothesis Testing. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
3.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
3.2 The General Procedure. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
3.3 Testing the Mean of Normally Distributed Data . . . . . . . . . . . . 58
3.3.1 Known Variance. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
3.3.2 Unknown Variance: t-Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
3.4 Other Tests. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
3.4.1 Testing Equality of Distributions:
Kolmogorov-Smirnov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
3.4.2 Testing for Normality: Shapiro-Wilks . . . . . . . . . . . . . . 64
3.4.3 Testing Location: Wilcoxon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
3.4.4 Testing Multinomial Probabilities: Pearson’s v 2 . . . . . . . 67
3.4.5 Testing Goodness-of-Fit. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
3.5 Sensitivity and Specificity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
3.6 Multiple Testing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
3.6.1 Bonferroni-Correction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
3.6.2 False-Discovery-Rate (FDR). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
3.7 Combining Results of Multiple Experiments. . . . . . . . . . . . . . . 74
3.8 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
4 Regression. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
4.2 Classes of Regression Problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
4.3 Linear Regression: One Covariate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
4.3.1 Problem Statement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
4.3.2 Parameter Estimation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
4.3.3 Checking Assumptions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
4.3.4 Linear Regression Using R. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
4.3.5 On the ‘‘Linear’’ in Linear Regression. . . . . . . . . . . . . . 84
4.4 Linear Regression: Multiple Covariates . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
4.4.1 Problem Statement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
4.4.2 Parameter Estimation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
4.4.3 Hypothesis Testing and Model Reduction . . . . . . . . . . . 86
4.4.4 Outliers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
xii Contents
4.4.5 Robust Regression. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
4.5 Analysis-of-Variance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
4.5.1 Problem Statement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
4.5.2 Parameter Estimation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
4.5.3 Hypothesis Testing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
4.6 Interpreting Error Bars. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
4.7 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
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