楼主: xingzhaoh
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[问答] 关于MCMCglmm随机变量设置的询问 [推广有奖]

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xingzhaoh 发表于 2014-3-30 09:55:51 |AI写论文
50论坛币
小弟最近学习CMCglmm, 在设置随机变量时遇到问题请打大侠帮忙,数据在附件中 11.xls (33.5 KB)
程序如下:
library(coda)
library(MCMCpack)
library(MCMCglmm)
rd<-read.csv("11.csv")
head(rd)
attach(rd)

mu.beta<-c(-2.037,2.415)
V.betas<-matrix(c(0.35716566, -0.08127909,-0.08127909 , 0.03360510),nrow=2)
n.iter<-25000
prior.betas <- list(B = list(mu = mu.beta, V = V.betas),
R = list(V = 1, nu = 0.001))

model1.sim <- MCMCglmm(TOTAL~D, random=NULL, rcov=~units, family="gaussian",
data=rd, prior=prior.betas ,nitt=n.iter,burnin=floor(n.iter/2),
thin=3,verbose=F)
#在不设置随机变量时,model1.simk可以做出来

model2.sim <- MCMCglmm(TOTAL~D, random = ~ region,, rcov=~units, family="gaussian",
data=rd, prior=prior.betas ,nitt=n.iter,burnin=floor(n.iter/2),
thin=3,verbose=F)
#在设置随机变量时,出现:
Error in MCMCglmm(TOTAL ~ D, random = ~D | region, , rcov = ~units,  :
  either both or neither R and G structures need a prior

哪位大侠指点一下,感激不尽,着急呀!

关键词:GLMM 随机变量 变量设置 mcmc CMC library 程序

回帖推荐

dongshengjay 发表于3楼  查看完整内容

设定一个先验分布参考https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2011q1/005208.html prior.1

沙发
xingzhaoh 发表于 2014-3-31 12:35:29
有人指点一下吗?
急求帮助

藤椅
dongshengjay 发表于 2014-3-31 22:48:01
设定一个先验分布参考https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2011q1/005208.html

prior.1<-list(R = list(V = diag(2), n = 2, fix = 2), G = list(G1 =list(V = diag(c(1, 1e-6)), n = 2, fix = 2)))

板凳
xingzhaoh 发表于 2014-4-1 07:57:02
dongshengjay 发表于 2014-3-31 22:48
设定一个先验分布参考https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2011q1/005208.html

prior.1
董哥,怎么才能把这个做先验信息
mu.beta<-c(-2.037,2.415)
V.betas<-matrix(c(0.35716566, -0.08127909,-0.08127909 , 0.03360510),nrow=2)

n.iter<-25000
算出来,我还是没做出来呀

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