求关于基因表达数据的分析方法

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数据是每个人1000个基因表达数据，共40个人（来自健康和有疾病的患者)，所以数据可以聚成两类。现在是想要探索主要是哪些基因影响了这种分类结果。这是要用什么算法来分析？
用prcomp()时，得出的结果："sdev"     "rotation" "center"   "scale"    "x"    每个代表什么？

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关键词：分析方法 基因表达 Rotation Center prcomp 健康 聚成 影响

关于第一个问题，可以用聚类进行分析；第二个，自己查看help文档；？prcomp

lazybear51 发表于 2015-1-22 12:16
关于第一个问题，可以用聚类进行分析；第二个，自己查看help文档；？prcomp

是对变量还是样本进行聚类？而且聚类只是看出数据的类别，我想分析的是主要是哪些基因影响了这种聚类结果

你这是微阵列数据吗？建议用EMA（easy microarray analysis，R的软件包）进行分析，还能画出热图来。。。

不介意的话，可以把数据传上来吗?我也想看下顺便分析一下。。。

曲散人终 发表于 2015-1-22 13:02
不介意的话，可以把数据传上来吗?我也想看下顺便分析一下。。。

麻烦你帮我分析一下

Irene徐 发表于 2015-1-22 14:36
麻烦你帮我分析一下

敢问哪几行是正常的，哪几行是病人的？

Irene徐 发表于 2015-1-22 14:36
麻烦你帮我分析一下

从聚类结果来看，是有20个正常的和20个病人的？

Irene徐 发表于 2015-1-22 14:36
麻烦你帮我分析一下

帮你画了个聚类的热图，如果你要找差异表达基因的话，可以用T检验和表达值的比值来确定。。。热图的上半部分就是差异表达基因。。。不过看不太清楚。。。

这个是结果。。。