楼主: moonstone
8123 2

[问答] 请问如何解决如下错误“address 0x18, cause 'memory not mapped' ” [推广有奖]

已卖:1870份资源

讲师

74%

还不是VIP/贵宾

-

威望
0
论坛币
10495 个
通用积分
369.0483
学术水平
160 点
热心指数
169 点
信用等级
124 点
经验
274226 点
帖子
237
精华
1
在线时间
520 小时
注册时间
2007-4-27
最后登录
2024-12-6

楼主
moonstone 发表于 2015-5-30 02:07:20 |AI写论文

+2 论坛币
k人 参与回答

经管之家送您一份

应届毕业生专属福利!

求职就业群
赵安豆老师微信:zhaoandou666

经管之家联合CDA

送您一个全额奖学金名额~ !

感谢您参与论坛问题回答

经管之家送您两个论坛币!

+2 论坛币
在mac系统中运行“ GEOquery”包的getGEO ()函数时出现如下提示。但是相同的函数在windows系统运行没有问题。查看一些网页,类似的问题似乎比较多,说可能更新R版本就可以解决,但是我更新完之后,还是有此提示,非常希望能得到大家的指点,非常感谢,^_^

> library(GEOquery)
> data1 <- getGEO("GSE9844")
*** caught segfault ***
address 0x18, cause 'memory not mapped'

Traceback:
1: .Call("R_getCURLOptionEnum", PACKAGE = "RCurl")
2: getCurlOptionsConstants()
3: mapCurlOptNames(names(.els), asNames = TRUE)
4: curlOptions(URL = url, writefunction = writeFun, ..., .opts = .opts)
5: getURL(url)
6: getDirListing(sprintf(gdsurl, stub, GEO))
7: getAndParseGSEMatrices(GEO, destdir, AnnotGPL = AnnotGPL, getGPL = getGPL)
8: getGEO("GSE9844")

Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection: 2
Save workspace image? [y/n/c]: c
> sessionInfo()
R version 3.2.0 (2015-04-16)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.10.3 (Yosemite)

locale:
[1] zh_CN.UTF-8/zh_CN.UTF-8/zh_CN.UTF-8/C/zh_CN.UTF-8/zh_CN.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] GEOquery_2.35.4     Biobase_2.29.1      BiocGenerics_0.15.1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] RCurl_1.95-4.6 bitops_1.0-6   XML_3.98-1.1


二维码

扫码加我 拉你入群

请注明:姓名-公司-职位

以便审核进群资格,未注明则拒绝

关键词:address memory Dress cause Aus address memory names 如何

沙发
moonstone 发表于 2015-5-30 22:54:53
问题已经解决,虽然不确定具体是什么原因照成的,但是考虑是在更新R for MAC版本时(由R-3.1.3-snowleopard.pkg更新至R-3.2.0.pkg版本),由于没有完全卸载旧版本,而是安装新版本的时候直接覆盖旧版本。考虑两个版本之间可能存在一些不兼容,直接覆盖就会导致某些程序包无法正常运行。

因此,在mac系统中更新R版本时,建议:一定要完全卸载旧版本,而不要直接采用覆盖的形式安装新的R版本。
完全卸载R时需注意,不是简单从应用程序中卸载,需要同时找到R的Home路径,然后删除该路径下所有内容。
查找R的Home路径的方法,使用函数Sys.getenv("R_HOME")。

希望对遇到相同问题的战友有帮助,^_^

藤椅
zlz1009216143 学生认证  发表于 2017-6-20 20:45:40
感谢~~~不过,如果已经用新版本覆盖了的,不能直接删,文件路径要加入之前版本的信息,找到文件夹删除就可以了

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library


您需要登录后才可以回帖 登录 | 我要注册

本版微信群
加好友,备注cda
拉您进交流群
GMT+8, 2025-12-20 12:50