用limma做基因差异表达分析时总是得不出差异表达基因

是 否 +2 论坛币

k人 参与回答

经管之家送您一份

应届毕业生专属福利!

求职就业群

赵安豆老师微信：zhaoandou666

经管之家联合CDA

送您一个全额奖学金名额~ !

立即领取

感谢您参与论坛问题回答

经管之家送您两个论坛币！

+2 论坛币

library(Biobase)
library(BiocGenerics)
library(affy)
library(limma)

filename = list.files("CCLEpaxOVrna")
dir = paste("./CCLEpaxOVrna/",filename,sep="")
n = length(dir)
data = ReadAffy(filenames=filename[1] )
for (i in 2:n){ new.data = ReadAffy(filenames = filename)
data = merge(data,new.data)}
aaa<-rma(data)
aa2<-exprs(aaa)
head(aa2)


control<-aa2[,c(5,6,10,20)]
LPS<-aa2[,-c(5,6,10,20)]
design <- model.matrix(~ -1+factor(c(1,1,1,1, 2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2)))
colnames(design) <- c("control", "LPS")
fit <- lmFit(aa2, design)
contrast.matrix <- makeContrasts(control-LPS, levels=design)
fit <- eBayes(fit)
fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix)
fit2 <- eBayes(fit2)
results<-decideTests(fit2, method="global", adjust.method="BH", p.value=0.01, lfc=1.5)
summary(results)

vennCounts(results)
vennDiagram(results)

扫码加我 拉你入群

请注明：姓名-公司-职位

以便审核进群资格，未注明则拒绝

分享0 收藏0 回帖

关键词：IMM Lim filename Library Generic limma差异表达分析