[显著性字母快速标记] 单因素方差分析+duncan多重比较

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这是Windows下的程序，在Mac上使用需要将两处"clipboard"替换为pipe("pbcopy")和pipe("pbpaste;echo")。在OS X 10.8.5，R3.2.1，Excel for Mac 2011(14.5.1)下测试可用。

使用方法：
联网安装程序包agricolae：install.packages("agricolae")
引用程序代码：把.R文件拖入R窗口,Enter
1.在Excel中复制数据区域，不用粘贴
2.回到R，运行f()或者f(0.01)
3.查看分析结果，并在Excel中粘贴出字母标记



程序文件源码（Duncan[16-3-4]-Windows.R）：

1. ##
   
2. ##   FGM 2016-3-4
   
3. ##
   
4. ##   单因素方差分析+duncan多重比较 快速标记字母 (for Windows)
   
5. ##
   
6. ##   for Mac: 将两处"clipboard"替换为pipe("pbcopy")和pipe("pbpaste;echo")
   
7. ##   帮助: fgh()
   
8. ##
   
9. 
   
10. library(agricolae)
    
11. 
    
12. 
    
13. copy_to_clipboard = function(x,sep="\t",col.names=T,...) {
    
14.   write.table(x
    
15.               ,file = "clipboard"    # Mac:  pipe("pbcopy")
    
16.               ,sep=sep
    
17.               ,col.names = col.names
    
18.               ,row.names = F
    
19.               ,quote = F,...)
    
20. }
    
21. 
    
22. paste_from_clipboard = function(sep="\t",header=T,...) {      
    
23.   read.table("clipboard"     # Mac:  pipe("pbpaste;echo")
    
24.              ,sep=sep
    
25.              ,header=header,...)
    
26. }
    
27. 
    
28. 
    
29. fgh <- function() {
    
30.   cat("\n",rep("#",5),"单因素方差分析+duncan多重比较   alpha默认=【0.05】\n ")  
    
31.   cat(rep("#",5),"Help:fgh()\tUSAGE:\t从Excel复制纯数据区域，运行:f()或f(alpha值)，粘贴字母标记结果回Excel;\n",rep("#",5),"\t\t\t数据分组:【按行】;    字母标记:【降序】;\n")
    
32. }
    
33. 
    
34. 
    
35. f <- function(fgalpha = 0.05) {
    
36.   fgh()  
    
37.   
    
38.   dff = paste_from_clipboard(header = FALSE)
    
39.   cat("\n\n")
    
40.   cat("水平数：", nrow(dff))
    
41.   cat("\t重复数：", ncol(dff),"\n")
    
42.   
    
43.   x <- as.vector(t(dff))
    
44.   ### 数据若按列分组则为：as.vector(as.matrix(dff))
    
45.   
    
46.   level = factor(rep(1:nrow(dff),each=ncol(dff)))
    
47.   df = data.frame(x,level)
    
48.   resultaov = aov(x~level,data=df)
    
49.   duncanresult = duncan.test(resultaov,"level",console = TRUE, alpha = fgalpha)
    
50.   
    
51.   de=as.data.frame(duncanresult["groups"])
    
52.   de=de[order(de[,1]), ]
    
53.   copy_to_clipboard(as.data.frame( de[,3]) ,col.names = FALSE)
    
54. 
    
55.   cat("\n\n",rep("#",30),"\n",rep("#",5), " 已复制字母标记（按原数据区域顺序）到剪贴板。 ",rep("#",5),"\n",rep("#",30),"\n\n")
    
56.   
    
57. }
    
58. 
    
59. 
    
60. fgh()

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关键词：单因素方差分析 duncan 方差分析 多重比较 单因素 字母标记

谢谢分享

请问，能不能给个excel数据格式的截图呢，我用了一下会报错：Error in `[.data.frame`(de, , 3) : undefined columns selected

zengqd_1985 发表于 2017-10-9 14:53
请问，能不能给个excel数据格式的截图呢，我用了一下会报错：Error in `[.data.frame`(de, , 3) : undefine ...

我今天重装R后也发现了这个问题，可能是agricolae或相关组件版本更新后导致输出丢失了1列引起的，修正后我会再贴上源码... 代码在5楼，现在应该没问题了

修正了新版本agricolae程序包(1.2-7及以上)不能适用的bug, 并增加了特性（自动安装依赖包，不指定alpha值则进行0.05和0.01水平比较并合并两个结果，新参数：记住上次复制到剪贴板的数据，新参数：转换为大写字母）:

1. ##   
   
2. ##   单因素方差分析+Duncan多重比较 快速标记字母 (for Windows)
   
3. ##
   
4. ##   Mac OS X: 将两处"clipboard"替换为pipe("pbcopy")和pipe("pbpaste;echo"),见注释
   
5. ##   
   
6. ##   测试环境：R: 3.2.1 ; 程序包:agricolae 1.2-8 ; Windows XP
   
7. ##            
   
8. ##   帮助: fhelp()     
   
9. ##
   
10. ##   FGM 2018-1-25  why_fish@126.com
    
11. ##   
    
12. ##
    
13. 
    
14. 
    
15. ##检测并安装“agricolae”
    
16. fgm_required_pkg="agricolae"
    
17. if(!fgm_required_pkg %in% rownames(installed.packages())){
    
18.   message("没有找到需要的程辑包：", fgm_required_pkg,"，准备开始安装...    要自行安装请键入“install.packages(\"", fgm_required_pkg, "\")”。\n\n")
    
19.   install.packages(fgm_required_pkg)
    
20. }
    
21. 
    
22. library(agricolae)
    
23. lstAgricolaeVer = packageVersion ("agricolae")
    
24. global_com_fgm_duncanalm_lastreaddata=NA
    
25. 
    
26. if (lstAgricolaeVer > "1.2.8"){
    
27.   message("警告：程辑包‘agricolae’", as.character(lstAgricolaeVer), "版本过高，脚本可能无法支持( 大于'1.2-8' )\n\n")
    
28. }
    
29. 
    
30. 
    
31. 
    
32. copy_to_clipboard = function(x,sep="\t",col.names=T,...) {
    
33.   write.table(x
    
34.               ,file = "clipboard"    # Mac:  pipe("pbcopy")
    
35.               ,sep=sep
    
36.               ,col.names = col.names
    
37.               ,row.names = F
    
38.               ,quote = F,...)
    
39. }
    
40. 
    
41. paste_from_clipboard = function(sep="\t",header=T,...) {      
    
42.   read.table("clipboard"     # Mac:  pipe("pbpaste;echo")
    
43.              ,sep=sep
    
44.              ,header=header,...)
    
45. }
    
46. 
    
47. 
    
48. fhelp <- function() {
    
49.   cat("\n",rep("#",2),"单因素方差分析+Duncan多重比较\n ")  
    
50.   cat(rep("#",2),"使用方法: 从Excel复制纯数据区域，键入f()（或参考下面示例），回车执行，粘贴字母标记结果回Excel;\n",rep("#",2),"数据分组:【按行】;    字母标记:【降序】;\n",rep("#",2),"\n ")
    
51.   cat(rep("#",2),"例 (注意大小写，使用英文标点)：\n ")
    
52.   cat(rep("#",2),"f()   得到在alpha=0.05和0.01两个水平上比较的结果\n ")
    
53.   cat(rep("#",2),"f(0.01)   0.01水平上比较（自动转为大写字母）\n ")
    
54.   cat(rep("#",2),"f(alpha = 0.01, uselastdata = TRUE)   使用上次从Excel复制进剪贴板的数据再在0.01水平上比较\n ")
    
55.   cat(rep("#",2),"f(alpha = 0.02, uppercase = TRUE)   使用“uppercase = TRUE”指定输出结果为大写字母\n ")
    
56.   cat(rep("#",2),"fhelp()   显示帮助\n ")
    
57. }
    
58. 
    
59. 
    
60. com_fgm_duncanalm_getmarks <- function(fgm_resultaov, fgm_level, fgconsole = TRUE, fgalpha = 0.05) {
    
61.   
    
62.   duncanresult = duncan.test(fgm_resultaov,fgm_level,console=fgconsole, alpha=fgalpha)
    
63.   de=as.data.frame(duncanresult["groups"])
    
64.   
    
65.   if (lstAgricolaeVer >= "1.2.7"){
    
66.     deres=de[order(as.integer(row.names(de))), ]
    
67.     deres=as.data.frame( deres[,"groups.groups"])
    
68.   }else{
    
69.     deres=de[order(de[,"groups.trt"]), ]
    
70.     deres=as.data.frame( deres[,"groups.M"])
    
71.     ### fixed a bug:  旧版本的agricolae包适用
    
72.   }
    
73.   return(deres)
    
74.   
    
75. }
    
76. 
    
77. 
    
78. f <- function(alpha = 0.05, uselastdata = FALSE, uppercase = NA) {
    
79.   
    
80.   if(uselastdata==FALSE){
    
81.     global_com_fgm_duncanalm_lastreaddata <<- paste_from_clipboard(header = FALSE)
    
82.   }  
    
83.   dff = global_com_fgm_duncanalm_lastreaddata
    
84.   cat("\n\n")
    
85.   cat("处理的水平数：", nrow(dff))
    
86.   cat("\t重复数：", ncol(dff),"\n")
    
87.   
    
88.   x <- as.vector(t(dff))
    
89.   ### 数据若按列分组则为：as.vector(as.matrix(dff))
    
90.   
    
91.   level = factor(rep(1:nrow(dff),each=ncol(dff)))
    
92.   df = data.frame(x,level)
    
93.   resultaov = aov(x~level,data=df)
    
94.   
    
95.   if(missing(alpha)) {
    
96.     ## 默认： 执行0.05(小写字母)和0.01(大写字母)，合并结果
    
97.     detocopy1 = com_fgm_duncanalm_getmarks(resultaov,"level",fgconsole = TRUE, fgalpha = 0.05)
    
98.     detocopy = com_fgm_duncanalm_getmarks(resultaov,"level",fgconsole = TRUE, fgalpha = 0.01)
    
99.     detocopy[,1] = toupper(detocopy[,1])
    
100.     detocopy[,1] = paste0(detocopy1[,1] , detocopy[,1])
     
101.   }else{
     
102.     detocopy = com_fgm_duncanalm_getmarks(resultaov,"level",fgconsole = TRUE, fgalpha = alpha)
     
103.     if( isTRUE(uppercase) || (is.na(uppercase) && (alpha==0.01))){
     
104.       ## 自动：0.01 水平改为大写字母
     
105.       detocopy[,1] = toupper(detocopy[,1])
     
106.     }
     
107.   }
     
108.   
     
109.   copy_to_clipboard( detocopy,col.names = FALSE)
     
110.   cat("\n\n",rep("#",30),"\n",rep("#",5), " 已复制字母标记（按原数据区域顺序）到剪贴板。 ",rep("#",5),"\n",rep("#",30),"\n\n")
     
111.   
     
112. }
     
113. 
     
114. 
     
115. fhelp()

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premandhi 发表于 2017-12-25 18:53
修正了新版本agricolae程序包(1.2-7及以上)不能适用的bug:

谢谢楼主 mark

premandhi 发表于 2017-12-25 18:53
修正了新版本agricolae程序包(1.2-7及以上)不能适用的bug:

谢谢楼主 mark