求大神指点，MCMC 出现error：in if (runif(1) < probab) { :

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LZ 是个R新手，做什么都是靠查...作业要求用MCMC 来预测参数的值区间，然后出现了这样的错误：

1. Error in if (runif(1) < probab) { : missing value where TRUE/FALSE needed
   
2. burnIn = 5000
   
3. acceptance = 1-mean(duplicated(chain[-(1:burnIn),]))
   
4. Error in duplicated(chain[-(1:burnIn), ]) : object 'chain' not found

复制代码

LZ整个的代码是这样子的，

1. setwd("C:/Users/jsjyyjc/Desktop/")
   
2. ut<-read.table("1.txt")
   
3. xvec<-ut
   
4. 
   
5. fn<-function(theta){sum(xvec/exp(2*(theta[1]+theta[2]*xvec)/(1+theta[2]-theta[3])))}
   
6. 
   
7. 
   
8. nlm(fn,theta<-c(0,0,0),hessian=TRUE)
   
9. 
   
10. 
    
11. proposalfunction<-function(theta){
    
12. + return(rnorm(3,mean=theta,sd=c(0.1,0.5,0.3)))
    
13. + }
    
14. prior<-function(theta){
    
15. + m=theta[1]
    
16. + n=theta[2]
    
17. + l=theta[3]
    
18. + mprior<-dnorm(m)
    
19. + nprior<-dnorm(n)
    
20. + lprior<-dnorm(l)
    
21. + return(mprior+nprior+lprior)
    
22. + }
    
23. 
    
24. 
    
25. posterior<-function(theta){
    
26. + return(fn(theta)+prior(theta))
    
27. + }
    
28. run_metropolis_MCMC <- function(startvalue, iterations){
    
29. +     chain = array(dim = c(iterations+1,3))
    
30. +     chain[1,] = startvalue
    
31. +     for (i in 1:iterations){
    
32. +         proposal = proposalfunction(chain[i,])
    
33. +         
    
34. +         probab = exp(posterior(proposal) - posterior(chain[i,]))
    
35. +         if (runif(1) < probab){
    
36. +             chain[i+1,] = proposal
    
37. +         }else{
    
38. +             chain[i+1,] = chain[i,]
    
39. +         }
    
40. +     }
    
41. +     return(chain)
    
42. + }
    
43. startvalue=c(4,0,10)
    
44. chain = run_metropolis_MCMC(startvalue, 10000)
    
45. burnIn = 5000
    
46. acceptance = 1-mean(duplicated(chain[-(1:burnIn),]))

复制代码

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关键词：Error mcmc Rob err CMC error

现在出现新的问题了！之前的问题在初值的设定上，我把它改成 startvalue=result$estimate 跑了下5000结果还是“Error in if (runif(1) < probab) { : missing value where TRUE/FALSE needed”； 但神奇的是我在连续试了4000，2000等等之后再跑5000他又能跑出来了，求大神指点这个错在哪里了！

这是跑的结果截图...感觉特别神奇的不知道错误在哪里....求大神们指点！