求助：

是 否 +2 论坛币

k人 参与回答

经管之家送您一份

应届毕业生专属福利!

求职就业群

赵安豆老师微信：zhaoandou666

经管之家联合CDA

送您一个全额奖学金名额~ !

立即领取

感谢您参与论坛问题回答

经管之家送您两个论坛币！

+2 论坛币

求助各位论坛的前辈：
     我使用SNPassoc(https://cran.r-project.org/web/packages/SNPassoc/)这个包，希望写一个for循环，对多个变量做association分析。我的数据如下：

sampletype        sample        rs1799864        rs1143627

case        1        GG        AG

case        2        GG        GG

case        3        GG        AA

case        4        GG        AG

case        5        AG        AG

case        6        AG        AA

control        7        GG        AA

control        8        GG        GG

control        9        GG        AG

control        10        GG        AG

control        11        AA        GG

control        12        AG        GG

control        13        AG        GG

     我的代码如下：
df<-read.table(file="test.txt",header=T)
var_list<-c("rs1799864","rs1143627")
for (i in 1:length(var_list)) {
  association(sampletype~snp(var_list,sep=""),data=df)
}

    但总是报错：
Error in model.frame.default(formula = sampletype ~ snp(var_list, sep = ""),  : 变数的长度不一样('snp(var_list, sep = "")')


     而我直接使用代码association(sampletype~snp(rs1799864,sep=""),data=df)是可以执行成功的。
     我发现原因是这个包中的association这个函数要求，association(sampletype~snp(rs1799864,sep=""),data=df)中的rs1799864上不能有引号。如果此处加上引号，仍会产生问题。请问各位前辈，有什么办法解决该问题？

扫码加我 拉你入群

请注明：姓名-公司-职位

以便审核进群资格，未注明则拒绝

分享0 收藏0 回帖

关键词：Association R-Project Packages control package