如何实现先判断两个数据框中的两列是否相等，之后再比较其他列？

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现在有两个数据表，一个是染色体上的基因片段所在的位置，一个是结合在染色体上的RNA所在的位置。人体内23条染色体和两条性染色体的数据是乱序的，基因片段的数目和RNA的数目也不相等，如图：

我需要先判断基因和RNA是否在同一条染色体上，再对它们的位置进行比较，位置有交集的，则输出RNA的名字，我的代码是：

lncRNA<-read.csv("E:/THU_research_intern/lncRNA/data/2012data/lncRNA.csv",header=TRUE,stringsAsFactors = FALSE)
ChP<-read.csv("E:/THU_research_intern/lncRNA/data/2012data/GSM1436260_ENCFF002ENI.csv",header=TRUE,stringsAsFactors = FALSE)
ChP<-ChP[order(ChP[,1]),]
for(x in 1:2708)
  for(i in 1:118484)
    if(lncRNA[i,1]==ChP[x,1]&&lncRNA[x,3]<=ChP[i,2]||lncRNA[x,1]==ChP[i,1]&&lncRNA[x,2]>=ChP[i,6]) lncRNA=lncRNA[-c(i),]
lncRNA[,4]

错误信息是，
Error in if (lncRNA[i, 1] == ChP[x, 1] && lncRNA[x, 3] <= ChP[i, 2] ||  :
  missing value where TRUE/FALSE needed

应该怎么写呢？

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关键词：如何实现 数据框 染色体 NCR 数据表 染色体 数据表 如何

不知道楼主的错误是什么问题，我用了另一种方法（没有原始数据，自己编了几个，楼主参考一下吧）：

1. DNA
   
2.   chrom start1 stop1
   
3. 1     1    100   200
   
4. 2     2    200   250
   
5. 3     4    300   400
   
6. 4     6    400   550
   
7. RNA
   
8.   name chrom start2 stop2
   
9. 1    a     1     50   150
   
10. 2    b     2    150   250
    
11. 3    c     3    300   400
    
12. 4    d     6    200   300
    
13. my_fun <- function(x,y){
    
14.              my <- merge(x,y,by="chrom",all=F)
    
15.              result <- my[which(!(my$start1 >= my$stop2 | my$stop1 <= my$start2)),]
    
16.              return(result["name"]) }
    
17. my_fun(DNA,RNA)
    
18.   name
    
19. 1    a
    
20. 2    b

复制代码

能把2个数据表贴出来看看嘛？ 不清楚你得数据结构哦