动态规划算法对GenoCAD设计结果的优化

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摘要：Geno CAD（www.genocad.com）是一种基于Web的免费合成生物学设计软件,用它可以进行表达载体及人工基因网络设计。持续点击代表各种合成生物学标准＂零件＂的图标,以一种语法进行设计,最后就可以得到由数十个功能片段组成的复杂质粒载体。但是在GenoCAD中,每一类的合成生物学标准＂零件＂数量众多。随着这些标准＂零件＂的不断开发,其数量也在进一步增加,目前选择合适的＂零件＂组装成功能性的质粒载体费时费力并且容易发生错误。在进行载体设计的最后阶段,从众多的＂零件＂中选择合适的往往比较困难。为解决这一问题,本文采用了自然语言处理的统计语言模型,它最初用于自然语言识别,用来估算一组词串成为一个正确语句的概率的大小。本文最后以该模型为基础应用动态规划算法优化质粒载体设计,从众多的选项中找出最优者。利用这一方法可以减少进行生物学实验的冗余操作,从而减少载体构建过程中的花费。

原文链接:http://www.cqvip.com//QK/87988X/201603/670301616.html

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关键词：动态规划 GENO CAD OCA cqvip 合成生物学 统计语言模型 动态规划算法 生物学“零件” GenoCAD