for循环问题，求朋友们指点

EveIOU 发表于 2020-4-17 12:28
多谢朋友。
我本来有个设想：有时候，我想用hsa-miR-629匹配hsa-miR-629-5p, hsa-miR-629-3p（这里只是举 ...

这个可以考虑截取前11个字符，然后与搜索键入的关键字进行左链接。

1. library(tidyverse)
   
2. library(curl)
   
3. 
   
4. GSE <- c('GSE102286', 'GSE13937')
   
5. key <- c(
   
6.   "hsa-miR-3607", "hsa-miR-3677", "hsa-miR-4661", "hsa-miR-548v",
   
7.   "hsa-miR-605", "hsa-miR-629"
   
8. )
   
9. miR.signature <- as.data.frame(key)
   
10. 
    
11. #读取文件这一段可以改下放入下面的循环体内，文件名GSE[i]组合，留给你自己玩吧
    
12. GSE13937 <- read.table(
    
13.   file = "./for.match/GSE13937_series_matrix.txt",
    
14.   header = T, sep = "\t", fill = T,
    
15.   comment.char = "!"
    
16. )
    
17. GSE102286 <- read.table(
    
18.   file = "./for.match/GSE102286_series_matrix.txt",
    
19.   header = T, sep = "\t", fill = T,
    
20.   comment.char = "!"
    
21. )
    
22. 
    
23. 
    
24. for (i in 1:NROW(GSE)) {
    
25.   name <- paste0('find', '_', GSE[i])
    
26.   temp <- get(GSE[i]) %>%
    
27.     inner_join(miR.signature, by = c("ID_REF" = "key"))
    
28.   assign(name, temp)
    
29. }
    
30. # 输出结果是2个df：
    
31. find_GSE102286; find_GSE13937

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drunkfish69 发表于 2020-4-17 16:25

多谢，数据是从GEO数据库下载的，具体他用的什么编码超出我的理解力了。综合考虑您关于编码的判断（复制数据集中"hsa-miR-629"），还有llb_321坛友去掉引号的建议（grep('miR.pattern[k]', ...)的引号），修改我原来的代码，得到下图这样的结果（初始预期）

关于您建议的将数据集中的字符串截取11个字符，进行左连接，不知能否实现我以下目的呢？我目前了解substring可以截取字符串，如果数据集比较多，会不会比较麻烦？
我的新设想是：在我原代码基础上，或者您的代码，加个循环，得到如下结果（手写的），了解具体哪个miR，出现在某个数据集中，还有行数（这个目的是主要的，形式是次要的）（grep函数，value = T参数给出了名称，去掉value = T参数，就会给出位置：行数）。前面也和您说过，hsa-miR-629和hsa-mir-629（举例，r大写与小写），代表两种不同的东西。grep函数中ignore.case = T参数表示忽略大小写，正好符合我的大小写都匹配的要求。换言之，不管大小写，我都想要。麻烦您再给看一下，多谢！！
[1]GSE13937
character(0)
character(0)
character(0)
character(0)
character(0)
character(0)                       以上6行有没有无所谓，反正是代表没匹配上就行



[2]GSE102286
character(0)
character(0)
character(0)
character(0)                       以上4行有没有无所谓，反正是代表没匹配上就行
[1] "\"hsa-miR-605\""          581  （代表在数据集中的行数）
[1] "\"hsa-miR-629\""          604

drunkfish69 发表于 2020-4-17 16:25

还有，您提到的     #读取文件这一段可以改下放入下面的循环体内，文件名GSE组合，留给你自己玩吧
我不会啊，怎么放到循环体里，请指点。我前面一直不太懂循环，前几天在网上学习了一下，初步懂了一点点。

EveIOU 发表于 2020-4-17 21:42
还有，您提到的     #读取文件这一段可以改下放入下面的循环体内，文件名GSE组合，留给你自己玩吧
我不会 ...

1. library(tidyverse)
   
2. library(curl)
   
3. 
   
4. GSE <- c('GSE102286', 'GSE13937')
   
5. key <- c(
   
6.   "hsa-miR-3607", "hsa-miR-3677", "hsa-miR-4661", "hsa-miR-548v",
   
7.   "hsa-miR-605", "hsa-miR-629"
   
8. )
   
9. miR.signature <- as.data.frame(key)
   
10. 
    
11. for (i in 1:NROW(GSE)) {
    
12.   get.GSE <- read.table(
    
13.     file = paste0("./for.match/", GSE[i], "_series_matrix.txt"),
    
14.     header = T, sep = "\t", fill = T,
    
15.     comment.char = "!"
    
16.   )
    
17.   name <- paste0('find', '_', GSE[i])
    
18.   temp <- get.GSE %>%
    
19.     inner_join(miR.signature, by = c("ID_REF" = "key"))
    
20.   assign(name, temp)
    
21. }
    
22. 
    
23. find_GSE102286; find_GSE13937

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