for循环问题，求朋友们指点

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大家好，遇到for循环问题，求朋友们指点，多谢！目的：查找向量miR.signature中的元素 是否出现在数据集GSE13937、GSE102286的 'X.ID_REF.'列（第1列）中

问题：
1.第2段的for循环不知是否得到预期结果、第3段的for循环确定没得到预期结果：GSE102286[, 'X.ID_REF.']里面是有'hsa-mir-605', 'hsa-mir‐629'的（能匹配上），在第4段代码中也能得到证实，为什么用第3段的for循环得不出结果？
2.我的代码里，对两个数据集GSE13937、GSE102286是各自运行一遍代码，能否也写个循环，一步搞定？这样的话，两个数据集GSE13937、GSE102286需要先合并成list吗？
3.结果是否应该保存在list里面，这样能够看到具体哪个元素在哪个数据集的第1列中匹配上了？
4.第1段的for循环，是否也能嵌套在一起？

数据已上传至网盘
链接: https://pan.baidu.com/s/1wZH0c3SIQmoLON_qtHjqvg 提取码: mnjj
再次感谢大家！
for.match.rar (1.47 MB) 本附件包括：

• for.match.R
• GSE102286_series_matrix.txt
• GSE13937_series_matrix.txt

2020-4-15 17:01:20 上传

1. miR.signature <- c('hsa-mir-3607', 'hsa-mir-3677', 'hsa-mir-4661', 'hsa-mir-548v', 'hsa-mir-605', 'hsa-mir‐629')
   
2. miR.pattern <- vector("character", length(miR.signature))
   
3. for (i in seq_along(miR.signature)) {
   
4.   miR.pattern[i] <- paste(miR.signature[i], '.*', sep = "")
   
5. }
   
6. miR.pattern
   
7. 
   
8. 
   
9. GSE13937 <- read.table(file="./GSE13937_series_matrix.txt",
   
10.                        header = T, sep = "\t", quote = "", fill = T,
    
11.                        comment.char = "!")
    
12. for (j in seq_along(miR.pattern)) {print(grep('miR.pattern[j]', GSE13937[, 'X.ID_REF.'], value = T, ignore.case = T))
    
13. }
    
14. 
    
15. 
    
16. 
    
17. GSE102286 <- read.table(file="./GSE102286_series_matrix.txt",
    
18.                         header = T, sep = "\t", quote = "", fill = T,
    
19.                         comment.char = "!")
    
20. View(GSE102286[, 1])
    
21. for (k in seq_along(miR.pattern)) {print(grep('miR.pattern[k]', GSE102286[, 'X.ID_REF.'], value = T, ignore.case = T))      # ignore.case = T表示忽略大小写
    
22. }
    
23. 
    
24. 
    
25. grep('hsa-mir-605.*', GSE102286[, 'X.ID_REF.'], value = T, ignore.case = T)
    
26. print(grep('hsa-mir-605.*', GSE102286[, 'X.ID_REF.'], value = T, ignore.case = T))
    
27. print(grep('hsa-mir-629.*', GSE102286[, 'X.ID_REF.'], value = T, ignore.case = T))

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第一题，print(grep('miR.pattern[j]', 改成print(grep(miR.pattern[j],试试。miR.pattern[j]的值已经是一个字符串了，就是你要检索的，你再加个引号，那你定位的是引号里的内容，而不是这个东西所代表的值。
第二题，只有两个数据集，何必再费劲多写一个循环呢，又不是写以后经常用到的函数，只要能解决问题就好。
第三题，输出结果，看你自己需要啊。
第四题，你第一个for，只是为了调整向量数据的格式，不需要嵌套。

llb_321 发表于 2020-4-15 18:41
第一题，print(grep('miR.pattern[j]', 改成print(grep(miR.pattern[j],试试。miR.pattern[j]的值已经是一个 ...

多谢朋友指点，前进了一大步，还差一点点。请您再看一下吧，多谢！第二题，目前是只有两个数据集，怕以后数据集比较多，所以还是想写个循环，还望指点，多谢！

第一题，去掉引号之后是这样的结果


感觉理想的结果应该是这样
character(0)
character(0)
character(0)
character(0)
[1] "\"hsa-miR-605\""

[1] "\"hsa-miR-629\""


去掉引号之前是这样的结果

key <- c('hsa-mir-3607', 'hsa-mir-3677', 'hsa-mir-4661', 'hsa-mir-548v',
         'hsa-mir-605', 'hsa-mir‐629')
miR.signature <- as.data.frame(key)


GSE13937 <- read.table(
  file = "./for.match/GSE13937_series_matrix.txt",
  header = T, sep = "\t", fill = T,
  comment.char = "!"
)
GSE102286 <- read.table(
  file = "./for.match/GSE102286_series_matrix.txt",
  header = T, sep = "\t", fill = T,
  comment.char = "!"
)

GSE13937[, "ID_REF"] <- str_to_lower(GSE13937[, "ID_REF"])
GSE102286[, "ID_REF"] <- str_to_lower(GSE102286[, "ID_REF"])


find.1 <- GSE13937 %>%
  inner_join(miR.signature, by = c("ID_REF"="key"))
find.2 <- GSE102286 %>%
  inner_join(miR.signature, by = c("ID_REF"="key"))

drunkfish69 发表于 2020-4-15 21:41
key

多谢朋友指点，按照您的代码（只是把ID_REF改成了X.ID_REF.，因为数据集列名就是这个）运行了一下，貌似不成功。此外，hsa-mir-3607与hsa-miR-3607，在专业上确实代表两种东西，前者是miRNA前体，后者是miRNA成熟体，两者能匹配上一个或两个都可以。再次感谢！
结果如下：

1. find.1 <- GSE13937 %>%
   
2. +   inner_join(miR.signature, by = c("X.ID_REF."="key"))
   
3. Warning message:
   
4. Column `X.ID_REF.`/`key` joining character vector and factor, coercing into character vector
   
5. > find.1
   
6.   [1] X.ID_REF.    X.GSM426055. X.GSM426056. X.GSM426057. X.GSM426058.
   
7.   [6] X.GSM426059. X.GSM426060. X.GSM426061. X.GSM426062. X.GSM426063.
   
8. [11] X.GSM426064. X.GSM426065. X.GSM426066. X.GSM426067. X.GSM426068.
   
9. [16] X.GSM426069. X.GSM426070. X.GSM426071. X.GSM426072. X.GSM426073.
   
10. [21] X.GSM426074. X.GSM426075. X.GSM426076. X.GSM426077. X.GSM426078.
    
11. [26] X.GSM426079. X.GSM426080. X.GSM426081. X.GSM426082. X.GSM426083.
    
12. [31] X.GSM426084. X.GSM426085. X.GSM426086. X.GSM426087. X.GSM426088.
    
13. [36] X.GSM426089. X.GSM426090. X.GSM426091. X.GSM426092. X.GSM426093.
    
14. [41] X.GSM426094. X.GSM426095. X.GSM426096. X.GSM426097. X.GSM426098.
    
15. [46] X.GSM426099. X.GSM426100. X.GSM426101. X.GSM426102. X.GSM426103.
    
16. [51] X.GSM426104. X.GSM426105. X.GSM426106. X.GSM426107. X.GSM426108.
    
17. [56] X.GSM426109. X.GSM426110. X.GSM426111. X.GSM426112. X.GSM426113.
    
18. [61] X.GSM426114. X.GSM426115. X.GSM426116. X.GSM426117. X.GSM426118.
    
19. [66] X.GSM426119. X.GSM426120. X.GSM426121. X.GSM426122. X.GSM426123.
    
20. [71] X.GSM426124. X.GSM426125. X.GSM426126. X.GSM426127. X.GSM426128.
    
21. [76] X.GSM426129. X.GSM426130. X.GSM426131. X.GSM426132. X.GSM426133.
    
22. [81] X.GSM426134. X.GSM426135. X.GSM426136. X.GSM426137. X.GSM426138.
    
23. [86] X.GSM426139. X.GSM426140. X.GSM426141. X.GSM426142. X.GSM426143.
    
24. [91] X.GSM426144. X.GSM426145. X.GSM426146. X.GSM426147. X.GSM426148.
    
25. [96] X.GSM426149. X.GSM426150. X.GSM426151. X.GSM426152. X.GSM426153.
    
26. [101] X.GSM426154. X.GSM426155. X.GSM426156. X.GSM426157. X.GSM426158.
    
27. [106] X.GSM426159. X.GSM426160. X.GSM426161. X.GSM426162. X.GSM426163.
    
28. [111] X.GSM426164. X.GSM426165. X.GSM426166. X.GSM426167. X.GSM426168.
    
29. [116] X.GSM426169. X.GSM426170. X.GSM426171. X.GSM426172. X.GSM426173.
    
30. [121] X.GSM426174. X.GSM426175. X.GSM426176. X.GSM426177. X.GSM426178.
    
31. [126] X.GSM426179. X.GSM426180. X.GSM426181. X.GSM426182. X.GSM426183.
    
32. [131] X.GSM426184. X.GSM426185. X.GSM426186. X.GSM426187. X.GSM426188.
    
33. [136] X.GSM426189. X.GSM426190. X.GSM426191. X.GSM426192. X.GSM426193.
    
34. [141] X.GSM426194. X.GSM426195. X.GSM426196. X.GSM426197. X.GSM426198.
    
35. [146] X.GSM426199. X.GSM426200. X.GSM426201. X.GSM426202. X.GSM426203.
    
36. [151] X.GSM426204. X.GSM426205. X.GSM426206.
    
37. <0 行> (或0-长度的row.names)

复制代码

1. library(tidyverse)
   
2. 
   
3. key <- c(
   
4.   "hsa-miR-3607", "hsa-miR-3677", "hsa-miR-4661", "hsa-miR-548v",
   
5.   "hsa-miR-605", "hsa-miR‐629"
   
6. )
   
7. miR.signature <- as.data.frame(key)
   
8. 
   
9. 
   
10. GSE13937 <- read.table(
    
11.   file = "./for.match/GSE13937_series_matrix.txt",
    
12.   header = T, sep = "\t", fill = T,
    
13.   comment.char = "!"
    
14. )
    
15. GSE102286 <- read.table(
    
16.   file = "./for.match/GSE102286_series_matrix.txt",
    
17.   header = T, sep = "\t", fill = T,
    
18.   comment.char = "!"
    
19. )
    
20. 
    
21. find.1 <- GSE13937 %>%
    
22.   inner_join(miR.signature, by = c("ID_REF" = "key"))
    
23. find.2 <- GSE102286 %>%
    
24.   inner_join(miR.signature, by = c("ID_REF" = "key"))

复制代码

1. > find.2
   
2.        ID_REF GSM2732934 GSM2732935 GSM2732936 GSM2732937 GSM2732938 GSM2732939 GSM2732940
   
3. 1 hsa-miR-605        0.1        0.1        0.1          0        0.1        0.2          0
   
4.   GSM2732941 GSM2732942 GSM2732943 GSM2732944 GSM2732945 GSM2732946 GSM2732947 GSM2732948
   
5. 1        0.1        0.1        0.4        0.1        0.1        0.1        0.2        0.1
   
6.   GSM2732949 GSM2732950 GSM2732951 GSM2732952 GSM2732953 GSM2732954 GSM2732955 GSM2732956
   
7. 1        0.1        0.2        0.1        0.1        0.3        0.1        0.2        0.1

复制代码

我也有点糊涂了，设想find.2可以发现'hsa-miR-605', 'hsa-miR‐629'两条记录，实际只能发现一条。怀疑是不是TXT里的encode的问题？

drunkfish69 发表于 2020-4-16 07:06
我也有点糊涂了，设想find.2可以发现'hsa-miR-605', 'hsa-miR‐629'两条记录，实际只能发现一条。怀疑 ...

还是感谢您的热心帮助。多谢！

1. > find.2
   
2.        ID_REF GSM2732934 GSM2732935 GSM2732936 GSM2732937 GSM2732938 GSM2732939 GSM2732940
   
3. 1 hsa-miR-605        0.1        0.1        0.1          0        0.1        0.2          0
   
4. 2 hsa-miR-629        0.1       75.6        0.1          0        8.6        0.2          0
   
5.   GSM2732941 GSM2732942 GSM2732943 GSM2732944 GSM2732945 GSM2732946 GSM2732947 GSM2732948
   
6. 1        0.1        0.1        0.4        0.1        0.1        0.1        0.2        0.1
   
7. 2        0.1        0.1        0.4        0.1        7.6       13.2        5.9        0.1
   
8.   GSM2732949 GSM2732950 GSM2732951 GSM2732952 GSM2732953 GSM2732954 GSM2732955 GSM2732956
   
9. 1        0.1        0.2        0.1        0.1        0.3        0.1        0.2        0.1
   
10. 2       11.8        8.7       10.6        0.1        7.5        0.1        0.2        0.1

复制代码

我的怀疑没错，是编码的问题，用view(GSE102286)，找到‘hsa-miR-629'，把它copy/paste到key里面就出来了。说明值和原来手工输入的不同。

drunkfish69 发表于 2020-4-17 05:43
我的怀疑没错，是编码的问题，用view(GSE102286)，找到‘hsa-miR-629'，把它copy/paste到key里面就出来了 ...

多谢朋友。
我本来有个设想：有时候，我想用hsa-miR-629匹配hsa-miR-629-5p, hsa-miR-629-3p（这里只是举例而已，hsa-miR-629后面并没有其他字符了），这种情况下用找交集的思路是不是实现不了啊？我用grep函数，hsa-miR-629后面加上通配符“.* ”（代表0或多个任意字符），是不是更容易实现我的要求呢？您是否还有更好的建议？多谢！

EveIOU 发表于 2020-4-17 12:28
多谢朋友。
我本来有个设想：有时候，我想用hsa-miR-629匹配hsa-miR-629-5p, hsa-miR-629-3p（这里只是举 ...

我纠结的是你数据源里的编码是什么？为什么同样的字符和R里面手工收入不能匹配？