发帖
雷达卡
今天来学习下复杂点的森林图绘制，如下图所示，同一变量不同人群的置信区间合并在一起。
今天来学习在R中怎么绘制上面这种森林图。
1. 安装和加载R包
forestplot包是基于rme ta包的forestplot函数创建的，但是功能更强大，可以对同一标签添加多个置信区间。
install.packages("forestplot") #安装forestplot包
library(forestplot) # 加载包
2. 读取数据
以上图的数据为例，将数据录入到Excel中(示例数据在文末获取)，录入数据格式如下图所示：
library(readxl) # 使用RStudio软件的导入数据功能
forest <- read_excel("forest.xlsx")
View(forest) # 预览数据
3. 数据处理
3.1 定义亚组
在论文图片中，为了区分以及显示的更清楚，亚组一般会向前缩进两个空格。
subgps <- c(7,8,9,12,13,14,17,18,19,22,23,24)
# 指定要缩进的亚组，此处向量中的数字表示亚组的行数
forest$Variable[subgps] <- paste(" ",forest$Variable[subgps])
# 亚组前添加两空格
View(forest) # 预览数据看看有没有添加空格
3.2 转换数据格式
attach(forest) # 绑定数据框
labeltext <- as.matrix(forest[,1:3])
# 将forest数据框的前3列转换为矩阵
# 以矩阵形式将文本数据导入函数
3.3 指定图形数据
分别指定哪些数据是HR、CI上限、CI下限。
coef <- with(forest, cbind(coef1, coef2))
low <- with(forest, cbind(low1, low2))
high <- with(forest, cbind(high1, high2))
4. 绘制简单图形
forestplot(labeltext, # 森林图文本部分
mean = coef, # 图形元素中HR部分
lower = low, # 图形元素中置信区间下限
upper = high) # 图形元素中置信区间上限
与原图相比，需要修改的地方有很多：
- 修改坐标轴标签
- 添加无效线
- 添加水平线
- 调整box大小
- 字体对齐
- 图形元素的位置
- 图形元素的颜色
- 修改坐标轴刻度
- 添加图例
前面的推文已经介绍了森林图各种参数的调整，因此就直接修改了。
5. 自定义森林图参数
修改坐标轴标签、添加无效线、水平线、调整box大小、字体对齐、图形元素等直接一起修改啦。
my_xticks <- c(0.004,0.04,0.2,1,5,25,250) # 设置需要显示的x轴刻度
attr(my_xticks, "labels") <- xticks # 将x轴刻度标签传递给xticks参数
forestplot(labeltext, # 森林图文本部分
mean = coef, # 图形元素中HR部分
lower = low, # 图形元素中置信区间下限
upper = high, # 图形元素中置信区间上限
zero = 1, lwd.zero = 2, # 设置无效线位置和线条宽度
graph.pos = 2, # 设置图形元素的位置
boxsize = 0.5, # 设置box的大小
align = "l", # 设置字体对齐方式
xlog = TRUE, # 设置对数坐标轴
xlab="Mortality", # 添加x轴标签
xticks = my_xticks, # 添加x轴刻度
hrzl_lines = list("2" = gpar(lty=1, columns=c(3:4), col = "black"),
"3" = gpar(lty=1, columns=c(1:4), col = "black")),
# 在第2行和第3行添加水平线，并设置水平线的线型、宽度和颜色
is.summary= c(T,F,T,F,T,F,F,F,F,T,F,F,F,F,T,F,F,F,F,T,F,F,F,F),
# 指定哪些行是summary行
txt_gp = fpTxtGp(label = gpar(cex = 1.15), # 设置文本字体大小
ticks = gpar(cex = 1.20), # 设置坐标轴刻度大小
xlab = gpar(cex = 1.45)), # 设置坐标轴标题大小
# 设置文本标签、刻度、x轴标签的大小
col=fpColors(box=c("#B30638", "#00549E")),
# 设置box的颜色
legend=c("No-AKI", "AKI"), # 设置图例
legend_args = fpLegend(pos = list(x =0.20, y=0.05),
r = unit(.1, "snpc")))
# 设置图例位置和大小
如上所示为绘制的森林图，与论文原图基本是一致的。
京公网安备 11010802022788号
