急！！！如何在R中用SAM对foldchange值进行筛选差异基因

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如题，在R中，如何筛选差异基因，在给定相关foldchange值的情况下。请大侠指教，感激不尽。

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关键词：foldchange change Hang CHAN OLD 筛选 基因 SAM foldchange

SAM有专门软件，fold-change就是均值相减

gengyy 发表于 2010-10-12 20:27
如题，在R中，如何筛选差异基因，在给定相关foldchange值的情况下。请大侠指教，感激不尽。

看一下SAM的帮助就可以了，foldchange结合p value判断。
例如foldchange大于2或者小于0.5，且p value小于0.05的，认为是差异基因。

fold change是倍数，比如A=60，B=30，那么A/B=2（fold change）。
如果是先做了log转换，那么就是相减了logA-logB=log(A/B)，其实是等价的