学院拥有体系较为完备的科学研究基地，医学电生理实验室是省部共建教育部重点实验室，在国内享有较高声誉。膜通道功能、结构与信号转导同步研究基地是四川省科技条件平台，医学电生理实验室、医学分子生物学实验室、感染与免疫实验室3个实验室是四川省高校重点实验室，四川省医事卫生法治研究中心是四川省哲学社会科学重点研究基地。另有国家中医药科研三级实验室1个、二级实验室3个。2010年，学院通过资源整合成立了医学基础研究中心、药物与功能性食品研究中心。2010年，国家人力资源与社会保障部、全国博士后管理委员会批准我院心血管医学研究所设立博士后科研工作站，开展博士后工作。分子生物学与免疫学实验教学示范中心、医学基础实验教学示范中心两个实验中心是省级实验教学示范中心。