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一般而言，撰写科学基金申请书之前，首先要明确一个科学问题。科学问题是科研人员在理论实验或生产实践中，发现的过去遗留没有解决的问题、已发现尚未解决的问题、尚未明确的问题或者是解决某一问题更好的方法。赛恩斯编译结合实践体会和他人的经验认为，整个科学基金申请书应围绕如何解决所明确的科学问题进行设计，而且要具有创新性。
就科学问题而言，其来源主要有三个方面：一是阅读文献时在前人研究的基础上产生新的想法；二是在理论实验或生产实践中发现尚未解决的问题，或者是解决某个问题产生新的思路；三是在学科交叉过程中，产生新的研究方向。对科学问题进行凝练，也是科学基金申请中选题的关键环节。当然，凝练科学问题进行选题，除了需要对该领域的国内外研究有全面深入的了解，还应注意以下几个方面：
1.科学价值和意义。选题应是在理论实验或生产实践中发现的急需解决或解释的问题。
2.源头创新。可以是在学科自身发展过程中选题，包括过去遗留没有解决或没有彻底解决的问题；当前面临的新问题或热点难点问题；未来有需求研究或探索的问题。也可以是从学科交叉点出发选题，综合应用不同学科的知识，从不同学科的角度提出问题，包括新方法、新技术、新工具等的应用，新方法、新技术、新工具本身的发展等。还可以是面向经济和社会发展需求选题。
3.高起点、超前性。分析国内外研究已得到的相关结论和已解决的问题，关注未解决问题，避免重复研究，探索有潜力的问题，不盲目追求热点问题。
4.体现学科前沿，体现项目特色，体现前期研究基础。
5.注意资助范围。
就创新性而言，可以是科学认知创新，例如：申请者基于一定的研究工作基础，发现新现象，提出新问题，寻求新问题的答案，是对新问题的新认识，或是对旧问题的新认识或更深人的认识。申请者往往先提出一个假说，围绕假说设计实验进行验证，或是对已有观点提出新解释或批判。
也可以是研究方法创新，例如：申请者综合多方面的知识，找准问题的症结，对已有方法进行改进，或建立一种全新的方法和技术路线，通过深入研究解决新出现的问题或他人不能解决的旧问题。
还可以是研究材料创新，因为创新的研究材料具有重要的研究价值，申请者获得了创新的材料后，一般只需要采用现有的成熟的研究方法或技术，就可以实现研究目标。
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