遗传密码的二进制表示

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摘要翻译：
本文从核苷酸的结构相似性和编码氨基酸的物理化学性质两个方面介绍了一种新的典型遗传密码的二元表示法。四个mRNA碱基中的每一个都被分配一个唯一的2位标识符，因此64个三重密码子每个都被一个6位标记索引。位的顺序反映了DNA复制/修复和tRNA翻译系统所表现的层次结构。在该系统中，转换和颠倒突变被自然地表示为二进制运算，并可以分析不同点突变的严重程度。利用主成分分析表明，与蛋白质折叠有关的氨基酸的理化性质也与它们各自标记的某些位点位置有关。因此，一个点突变的可能性是保守的，不太可能导致蛋白质功能的变化，可以估计。
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英文标题：
《A Binary Representation of the Genetic Code》
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作者：
Louis R. Nemzer
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最新提交年份：
2017
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分类信息：

一级分类：Physics        物理学
二级分类：Biological Physics        生物物理学
分类描述：Molecular biophysics, cellular biophysics, neurological biophysics, membrane biophysics, single-molecule biophysics, ecological biophysics, quantum phenomena in biological systems (quantum biophysics), theoretical biophysics, molecular dynamics/modeling and simulation, game theory, biomechanics, bioinformatics, microorganisms, virology, evolution, biophysical methods.
分子生物物理、细胞生物物理、神经生物物理、膜生物物理、单分子生物物理、生态生物物理、生物系统中的量子现象（量子生物物理）、理论生物物理、分子动力学/建模与模拟、博弈论、生物力学、生物信息学、微生物、病毒学、进化论、生物物理方法。
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一级分类：Quantitative Biology        数量生物学
二级分类：Other Quantitative Biology        其他定量生物学
分类描述：Work in quantitative biology that does not fit into the other q-bio classifications
不适合其他q-bio分类的定量生物学工作
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英文摘要：
  This article introduces a novel binary representation of the canonical genetic code based on both the structural similarities of the nucleotides, as well as the physicochemical properties of the encoded amino acids. Each of the four mRNA bases is assigned a unique 2-bit identifier, so that the 64 triplet codons are each indexed by a 6-bit label. The ordering of the bits reflects the hierarchical organization manifested by the DNA replication/repair and tRNA translation systems. In this system, transition and transversion mutations are naturally expressed as binary operations, and the severities of the different point mutations can be analyzed. Using a principal component analysis, it is shown that the physicochemical properties of amino acids related to protein folding also correlate with certain bit positions of their respective labels. Thus, the likelihood for a point mutation to be conservative, and less likely to cause a change in protein functionality, can be estimated.
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PDF链接：
https://arxiv.org/pdf/1608.00539

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关键词：二进制 Quantitative Presentation Hierarchical Similarities bit acids 二进制 导致 程度