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重建方法本研究中回顾的重建方法可根据输出配置的链接密度进行分类。事实上,重建的网络可以以可调的密度完全连接(或者至少非常密集),或者精确地生成观察到的链接数。图1:2003年观察到的eMID网络邻接矩阵(顶部面板)与根据第3.1.1节(底部面板)所述MaxEnt方法重建的eMID网络邻接矩阵之间的比较。左侧面板表示二进制邻接矩阵,黑色/白色表示存在/不存在连接,而右侧面板表示加权邻接矩阵,颜色强度表示连接的权重3.1。密集重建方法3.1.1。MaxEnt算法MaxEnt算法[76,77]代表了重建网络的最简单、可能也是最广为人知的方法。它规定最大化泛函=-NXi=1NXj=1wijln wij(12),在等式表示的约束下。(5). 方程(12)定义了一种特殊的熵,其中随机变量是矩阵条目本身。然而,由于缺乏适当的归一化条件,等式(12)无法返回真正的概率分布。上述约束最大化问题的解决方案实际上是wMEij=^souti^sinj^Wi、 j,(13)式中,^W=PNi=1^souti≡PNj=1^sinjis是观察到的网络的总重量^G。由于^souti=PNj=1wMEijand^sini=PNj=1wMEji,很容易验证约束是否满足i、 然而,求和索引必须覆盖所有值j=1。N,包括对角线条目对应的一个。注意,等式(13)意味着,除非某些节点的^souti=0或^sini=0,否则任何条目都不能为零,并且得到的矩阵是完全连接的(参见图7)。
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