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根据教育部网站发布的通知，根据《高等教育法》《普通高等学校设置暂行条例》和《普通本科学校设置暂行规定》的有关规定，以及全国高等学校设置评议委员会讨论议定，同意建立南方科技大学。南方科技大学系多科性本科学校，由广东省领导和管理，学校发展所需经费由广东省统筹安排解决。同时，应遵守《教育法》和《高等教育法》的基本精神，依法办学，遵循国家基本教育制度。
通知提出，广东省和深圳市要进一步加大资金投入力度，加快学校新校区的建设速度，力争在未来3至4年内完成学校二期工程的建设任务，使南方科技大学的硬件条件基本形成。
通知要求，南方科技大学要进一步加强学校的师资队伍建设，优化师资队伍结构。学校新专业的增设和专业结构的调整，应按教育部有关规定办理。
原中国科学技术大学校长朱清时院士现担任南方科技大学创校校长。他在接受记者采访时表示，南方科技大学已成为合法的高教机构，可以进行希望进行的改革。他也强调，8000人是学校最终的长远目标，其中还应该包括研究生的数量。按照预先的设计，“学校在前五年的招生最多为2000人”，因为“我们希望南科大能办成精品，当师资队伍、设备和研究基地没有配套之前，我们不会大规模招生”。今年的招生规划将报请有关教育主管部门批准，尚未确定。
南方科技大学曾被外界视为中国高等教育改革的试验田。2011年6月，南方科技大学首批入学的45名学生全部放弃高考，一度引起各界高度关注。在该校公布的管理暂行办法中，“教授治学、学术自治”原则被写入总则。(记者吴晶)
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