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但是，公司注册资本登记制度改革是一项系统工程，还需要一系列配套改革，并非放宽注册资本登记条件那么简单。基于此，此次国务院常务会议特别强调：“各地区、各有关部门要密切配合，加快制定完善配套措施。”其中，实现税务管理方式的创新就是重要的配套改革内容。
目前，很多基层税务机关每个税收管理员的管户达到上百户，个别省份甚至超过千户，但税务机关的人力资源又不可能随之无限度地增加， 无形中造成大量的税收流失。那些没有被监控到位的纳税人实际上将不缴税或者只缴纳很少量的税，这就会导致市场环境的不公平，极易引发小企业“逃税攀比风”。注册资本登记制度改革后，将有大量的人加入创业大军，我国纳税人的数量也可能会因此而急剧增加。加之一些企业注册地址很有可能并不是政府规定的有效场所，税务机关将面临更为严峻的监管形势。如果应对不当，公司注册资本登记制度改革的成效将打折扣。
税收监管工作中，发票的管理是重中之重，特别是对小企业的发票管理。众所周知，税务机关进行税收监管的核心是“以票控税”，就是通过对发票的监控来管理税收。在实务中，为了防止纳税人虚开增值税发票，税务机关规定不同规模的纳税人使用不同版本的发票。一般来说，小规模纳税人只能使用万元版或者十万元版的发票，只有大企业才能使用百万元版的发票。但是，这个规定同时也给一些小规模纳税人带来一些困扰。特别是公司注册资本登记制度改革以后新成立的企业，将很有可能面临发票开具难题。
比如，一家小企业平常业务量比较小，使用万元版的发票就足够了。当这家企业偶然接到一笔300万元的业务时，开发票就会成为一个难题。对税务机关而言，一个企业违背常规，突然要开一张大版额的发票的确属于“异常现象”，认真调查一下无可厚非。但是，认真调查需要时间，等到调查清楚，这家小企业的客户也很有可能因为迟迟拿不到增值税发票而放弃合作。这家小企业损失的将不仅仅是一笔收入，而且是一个被大客户认可的机会，一个可以做大做强的机会。
从此次注册资本登记制度改革的内容看，政府希望从根本上构建公平竞争的市场环境，调动社会资本力量，促进小微企业特别是创新型企业成长，带动就业，推动新兴生产力发展。要实现这个目标，既需要有序、公平的市场环境，也需要尽可能扫除企业的发展障碍。税收监管与企业的发展息息相关，这方面的制度障碍应该引起有关方面的高度重视。
因此，笔者建议，为确保注册资本登记制度改革的成效，税务机关应该逐步从“以票控税”转向“以现金流控税”，通过监控纳税人的资金流来监控纳税人的税收流，从根本上实现对企业税收的有效监管。同时，还应该加快纳税诚信体系建设，将纳税人的缴税信息纳入到个人信用记录。对那些恶意逃避缴纳税款的纳税人，应及时公布其相关信息，并对其购房、购车、出境等进行限制。（作者系中国人民大学博锐财税沙龙秘书长）
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