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### chunk number 1: preliminaries
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library("lme4")
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### chunk number 2: conversion
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data("lq2002", package = "multilevel")
wrk <- lq2002
for (i in 3:16) wrk[[i]] <- ordered(wrk[[i]])
for (i in 17:21) wrk[[i]] <- ordered(5 - wrk[[i]])
lql <- reshape(wrk, varying = list(names(lq2002)[3:21]), v.names = "fivelev",
idvar = "subj", timevar = "item", drop = names(lq2002)[c(2,22:27)],
direction = "long")
lql$itype <- with(lql, factor(ifelse(item < 12, "Leadership",
ifelse(item < 15, "Task Sig.", "Hostility"))))
for (i in c(1,2,4,5)) lql[[i]] <- factor(lql[[i]])
lql$dichot <- factor(ifelse(lql$fivelev < 4, 0, 1))
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### chunk number 3: conv2
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attr(lql,"reshapeLong") <- NULL
lnkinv <- binomial()$linkinv
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### chunk number 4: lqlstr
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str(lql)
summary(lql)
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### chunk number 5: fm1
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(fm1 <- lmer(dichot ~ 0+itype+(1|subj)+(1|COMPID)+(1|item),
lql, binomial))
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### chunk number 6: fm1ranef
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rr <- ranef(fm1, postVar = TRUE)
str(rr$COMPID)
head(rr$COMPID)
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### chunk number 7: fm1subj
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qq <- qqmath(rr)
print(qq$subj)
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### chunk number 8: fm1comp
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print(qq$COMPID)
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### chunk number 9: fm1item
###################################################
print(qq$item)
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### chunk number 10: fm2
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fm2 <- lmer(dichot ~ 0 + itype + (1|subj) + (0+itype|COMPID) + (1|item),
lql, binomial)
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### chunk number 11: fm2out
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print(fm2)
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### chunk number 12: fm3
###################################################
fm3 <- lmer(dichot ~ 0 + itype + (1|subj) + (1|COMPID:itype) + (1|item),
lql, binomial)
fm3a <- lmer(dichot ~ 0 + itype + (1|subj) + (1|COMPID:itype) + (1|COMPID) + (1|item),
lql, binomial)
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### chunk number 13: fm23comp
###################################################
anova(fm3,fm3a,fm2)
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### chunk number 14: splom
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rr2 <- ranef(fm2, postVar = TRUE)
print(splom(rr2$COMPID))
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### chunk number 15: cat2
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qq2 <- qqmath(rr2)
print(qq2$COMPID)
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### chunk number 16: iParams
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str(imap <- unique(lql[, c("itype", "item")]))
(easiness <- ranef(fm2)$item[[1]] + fixef(fm2)[imap$itype])
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### chunk number 17: compParams
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compPar <- t(fixef(fm2) + t(ranef(fm2)$COMPID))
head(compPar)
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### chunk number 18: compprob
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head(binomial()$linkinv(compPar))
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