楼主: microtan
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[问答] 求助,如何快速求overlap [推广有奖]

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microtan 发表于 2015-3-30 15:00:01 |AI写论文

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我有2个dataframe,

第一个head(data_a):
ID           chrom   loc.start  loc.end num.mark  seg.mean    lable1
Sample.1     1         0          9800       50          -223.0995     0
Sample.1     1     10000    177200     837           -1.6123      1
Sample.1     1      177400  227200     250       -223.0995     1
Sample.1     1       227400  267400    201           -1.8927     0
Sample.1     1      267600  317600    251         -223.0995    1
Sample.1     1      317800  471200    768            -1.1496     0
......


第二个head(data_b):
V1      V2      V3       V4     V5     V6     V7
1  10012   178800 DEL   7197   1|0  cat
1  449088  551178 DEL 102091 0|1 cat
1  622132  623035 DEL    904   0|1  cat
1  635474  637162 DEL   1689   1|1 cat
1  907850  986635 DUP  78786 0|1  cat
1  267650  300000 DUP  38340 1|1  cat
........................

我的目的是:对data_a中的每一个元素在data_b中寻找,data_a$chrom == data_b$V2 并且data_a$loc.start,data_a$loc.end
与data_b$V2, data_b$V3有交集 overlap 。这时将data_a$lable置为1

谢谢大家!


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nuomin 发表于 2015-3-31 11:26:41
merge()函数能解决你的问题

藤椅
nibameiji 发表于 2017-9-12 20:09:53
请问楼主问题解决了吗

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