R语言程序运行

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从第一位截取，每次截取长度为4个碱基的短串，生成一系列短串，然后查找要查找短串在所有短串中的位置，数据如下：
1.TTTCCTTTTTTTGAACAGATGATTTTAGTGAGCACTGCGCTAGGAGTATGTGTTGAATCTCCAACCCTCGGAACATAGTCGTTGCTCTTGCGGACTGAGA
2.GGAATCTGCAACTCGGATGGCCGTCTCAAGTAAGCAACAACATTGTTGCTTGCGGCTTCCCGGGTGTCGCTAAGCGTTTAAAAAGTTGTTAGGATTAACC
3.CTCTTTCTACCTAATGGTGAAATTCGCGAGAGAACGATTAGACACGCCGCGCTGATGGGCAGGAGTGTTTGCACTCGATGAATCCCTCGACTGGGACCGG
要求按行截取，查找结果也按行显示
比如说第几行第几位。
假如我要查找ATCG,结果应该是：
ATCG 1[2  5  9  14..............]
         2[2   8   19    26..........]
我现在能做出来，但是不能按行查找。
求大神指教！急急急！！！！！

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关键词：R语言 GATT cctc Gaga GTAT 程序

这是个经济学论坛 你不觉得你这个问题到bioconductor上去问更合适么

是要输出这样的结果吗#从第一位截取，每次截取长度为4个碱基的短串，生成一系列短串
> data1
    [,1]   [,2]   [,3]   [,4]   [,5]   [,6]   [,7]   [,8]   [,9]   [,10]  [,11]  [,12]  [,13]  [,14]  [,15]
tmp "TTTC" "CTTT" "TTTT" "GAAC" "AGAT" "GATT" "TTAG" "TGAG" "CACT" "GCGC" "TAGG" "AGTA" "TGTG" "TTGA" "ATCT"
tmp "GGAA" "TCTG" "CAAC" "TCGG" "ATGG" "CCGT" "CTCA" "AGTA" "AGCA" "ACAA" "CATT" "GTTG" "CTTG" "CGGC" "TTCC"
tmp "CTCT" "TTCT" "ACCT" "AATG" "GTGA" "AATT" "CGCG" "AGAG" "AACG" "ATTA" "GACA" "CGCC" "GCGC" "TGAT" "GGGC"
    [,16]  [,17]  [,18]  [,19]  [,20]  [,21]  [,22]  [,23]  [,24]  [,25]
tmp "CCAA" "CCCT" "CGGA" "ACAT" "AGTC" "GTTG" "CTCT" "TGCG" "GACT" "GAGA"
tmp "CGGG" "TGTC" "GCTA" "AGCG" "TTTA" "AAAA" "GTTG" "TTAG" "GATT" "AACC"
tmp "AGGA" "GTGT" "TTGC" "ACTC" "GATG" "AATC" "CCTC" "GACT" "GGGA" "CCGG"
#查找要查找短串"GTTG"在所有短串中的位置
> result
[[1]]
[1] 21

[[2]]
[1] 12 22

[[3]]
integer(0)


代码如下

1. data <- c("TTTCCTTTTTTTGAACAGATGATTTTAGTGAGCACTGCGCTAGGAGTATGTGTTGAATCTCCAACCCTCGGAACATAGTCGTTGCTCTTGCGGACTGAGA"
   
2.           ,"GGAATCTGCAACTCGGATGGCCGTCTCAAGTAAGCAACAACATTGTTGCTTGCGGCTTCCCGGGTGTCGCTAAGCGTTTAAAAAGTTGTTAGGATTAACC"
   
3.           ,"CTCTTTCTACCTAATGGTGAAATTCGCGAGAGAACGATTAGACACGCCGCGCTGATGGGCAGGAGTGTTTGCACTCGATGAATCCCTCGACTGGGACCGG")
   
4. data1 <- c()
   
5. #从第一位截取，每次截取长度为4个碱基的短串，生成一系列短串
   
6. for(i in 1:length(data)){
   
7.   tmp <- c()
   
8.   for(j in seq(1,nchar(data[i]),4)){
   
9.     tmp <- c(tmp,substr(data[i],j,j+3))
   
10.   }
    
11.   data1 <- rbind(data1,tmp)
    
12. }
    
13. data1
    
14. #查找要查找短串在所有短串中的位置
    
15. V_char <- "GTTG"
    
16. result <- list()
    
17. for(i in 1:nrow(data1)){
    
18.   result[[i]] <- grep(V_char,data1[i,])
    
19. }
    
20. result

复制代码

lapply(gregexpr("ATCG", c("ATCGATCG","ATCGTCGA", "AAAAAAAA")), function(x) x[x %% 4 == 1])