如何用R打开并横向合并多个cel文件？

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cel文件为1-27的命名顺序。以下是我的程序代码，但总是出现错误，在做毕业专题，第一次用R语言，希望大神能帮我看看是哪里出的问题。谢谢！
data <- ReadAffy(file = dir[i], header=T, sep="\t")
for (i in 2:n){ new.data = ReadAffy(file = dir[i], header=T, sep="\t")
mode(data)
rma(data)
aaa<-rma(data)
aa2<-exprs(aaa)
head(aa2)
data = merge(data,new.data)}

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关键词：cel 如何用 Data 程序代码 R语言 如何

出现的错误如下：
错误: file names must be specified using a character vector, not a ‘list’

你的dir下面是一个目录，有很多文件，ReadAffy一次只能读一个吧。
你的文件名指定错误了。

jiangbeilu 发表于 2016-3-27 10:17
你的dir下面是一个目录，有很多文件，ReadAffy一次只能读一个吧。
你的文件名指定错误了。

那有什么办法能一次读取多个cel文件吗？我主要是想把27个cel文件横向合并，然后做差异表达分析

批量用sapply或者你用for循环也可以读很多啊

jiangbeilu 发表于 2016-3-27 10:26
批量用sapply或者你用for循环也可以读很多啊

用for应该怎么用呀？能给个代码吗

你这个问题，属于一口想吃成个胖子啊。
你抄了别人的代码，抄完后，要去自己理解，找资料，每一步是什么意思。
给你几个提示函数：
list.files(),sapply,rbind|cbind等等。

jiangbeilu 发表于 2016-3-27 10:26
批量用sapply或者你用for循环也可以读很多啊

大神，用for的话是给什么向量赋值呀？读cel文件的话，要怎么插入for去赋值？希望大神不要嫌弃学渣的无知，真的非常感谢~

以下是思路：

1. filename <- list.files()
   
2. df <- read....
   
3. for (i in 2:length(filename)){
   
4. newdf <- read....
   
5. df <- merge df newdf
   
6. rm(newdf)
   
7. ..
   
8. }

复制代码

jiangbeilu 发表于 2016-3-27 10:39
你这个问题，属于一口想吃成个胖子啊。
你抄了别人的代码，抄完后，要去自己理解，找资料，每一步是什么意 ...

额。。好吧。那能和我说说如何分批次读取27个cel文件吗？我用data<-readaffy（）.一下就读了27个文件，没法横向合并呀。其他关于list.files和cblind（合并的函数，我用的是merge）之类的，我已经会了。
a = list.files("CCLEpaxOVrna")
dir = paste("./CCLEpaxOVrna/",a,sep="")
n = length(dir)
list应该这么用吧
但把dir（i）和readaffy合用的话我就不会了。一直卡在这里，不知道应该怎么做下去，大神能和我说说嘛