如何用R打开cel文件

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setwd("C:/statgen")getwd()
library(affy)
library(help=affy)
files<-dir(pattern=".cel")
AffyData<-read.affybatch(filenames=files)
exprsSet.RMA<-rma(AffyData)
exp.RMA<-exprs(exprsSet.RMA)
exprsSet.MAS5<-mas5(AffyData)
write.exprs(exprsSet.MAS5, file="mydata.txt")

这个是别人叫我写的语句，但还是做不出来，不知道是不是cel文件有问题？有问题的话要怎么下载，大四学生在做毕业专题，第一次用R，很多不懂，希望热心的大神能教我一下。谢谢谢谢~

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关键词：cel 如何用 Library BRARY Files 如何

楼主给个cel文件吧

搞了一个多小时，终于可以读文件了。 GSM1137.rar (2.18 MB, 需要: 1 个论坛币) 本附件包括：

• GSM1137.CEL

2015-11-1 12:04:48 上传

cel文件
需要: 1 个论坛币  [购买]

提供一种解决方案，如下：
1 安装最新版本R，我用的是32位，一定注意使用32位R，且最新。我在64位上不行的。
2. 输入代码执行，要等很久的，注意网速要好一点：

1. source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
   
2. biocLite()
   
3. biocLite("affy")
   
4. biocLite("DBI")
   
5. biocLite("rgu34acdf")

复制代码

会有提示是否更新所有包,选择a
3.加载和读取：

1. library(affy)
   
2. setwd("F:/Desktop/GSM1137.CEL")
   
3. aff.data <- ReadAffy("GSM1137.CEL")
   
4. exprsSet.MAS5<-mas5(aff.data)
   
5. write.exprs(exprsSet.MAS5, file="mydata.txt")

复制代码

这里只是读取一个文件，我把cel文件上传给你，setwd里面是我文件所在的位置
命令执行后，打开txt文件即可查看到了。

jiangbeilu 发表于 2015-11-1 12:07
搞了一个多小时，终于可以读文件了。提供一种解决方案，如下：
1 安装最新版本R，我用的是32位，一定注意使 ...

前辈你好，按照你的方法，我最后出结果了，但是我想问一下，这个可以直接在R里读出cel文件的内容吗？还有我的cel文件是不是不完整的？谢谢你的热心解答，不甚感激

FLOWER370 发表于 2015-11-1 20:45
前辈你好，按照你的方法，我最后出结果了，但是我想问一下，这个可以直接在R里读出cel文件的内容吗？还 ...

这个就是在R里读了cel文件，然后把cel文件转成txt文件啊

jiangbeilu 发表于 2015-11-1 20:48
这个就是在R里读了cel文件，然后把cel文件转成txt文件啊

但是在R的界面里没有呈现出txt里的内容呀。能不能直接在R上面呈现

FLOWER370 发表于 2015-11-1 20:52
但是在R的界面里没有呈现出txt里的内容呀。能不能直接在R上面呈现

你再把txt文件读一下就可以了

jiangbeilu 发表于 2015-11-1 20:58
你再把txt文件读一下就可以了

噢噢。好的，谢谢前辈的指导

FLOWER370 发表于 2015-11-1 20:59
噢噢。好的，谢谢前辈的指导

你用head(exprsSet.MAS5)可以查看txt的前五行。

另外，是否进行其它计算，你可以用
?mas5
进行查看，因为我并不研究这一块，所以也不好说。

写了份代码，用于处理大约10GB的cel文件的。参考了楼主的帖子。将目录下的全部cel文件读取并且转成txt，并且在原文件名后去掉后缀加上txt扩展名重新输出到同一文件夹。
电脑正在跑这个批处理，调试无报错。

1. library(affy)
   
2. setwd("C:/Rdata/MM559/GSE24080")
   
3. dir.files<-list.files(path = "C:/Rdata/MM559/GSE24080" ,pattern="*.CEL" )
   
4. count<-length(dir.files)
   
5. dir.names<-dir.files
   
6. for (i in 1:count){
   
7. AffyData<-ReadAffy(filenames = dir.files)
   
8. strsplit(dir.names,split="\\.")
   
9. dir.names<-base::paste(dir.names,".txt")
   
10. exprsSet.RMA<-rma(AffyData)
    
11. exp.RMA<-exprs(exprsSet.RMA)
    
12. exprsSet.MAS5<-mas5(AffyData)
    
13. write.exprs(exprsSet.MAS5, file=dir.names)
    
14. }

复制代码