30分钟数据，以1分钟为间隔切分后形成的样本可以进行差异性分析吗？

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研究目的：研究疲劳程度是否对瞳孔直径有显著影响
1、因素：疲劳度；试验指标：瞳孔直径2、实验数据：两次测量，清醒状态下测试30分钟瞳孔，疲劳状态下测试30分钟瞳孔。（传感器每秒钟采样点60个，30分钟有10万多个采样点）
3、分析方法：以1分钟为间隔，将30分钟数据分段。对于每个被试，清醒有30段瞳孔数据，疲劳也有30段瞳孔数据
4、问题：在研究疲劳程度是否对瞳孔直径有显著影响过程中，由于不同被试之间的个人差异，是不是应该把不同被试的数据分开比较呢？也就是说，对比1号被试清醒和疲劳的差异，再对比2号被试清醒和疲劳的差异，等等。
如果上述问题成立，那应该用哪种分析方法呢？划分得到的30个样本之间不满足独立的条件啊，所以应该不能采用独立样本t检验吧？

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关键词：差异性分析 分钟数据 差异性 分析方法 实验数据 传感器 样本 测量 影响

你的问题可以分两步来分析：
第一：分析清醒状态下与疲劳状态下，瞳孔的直径是否有差异？
      用配对样本的T检验，如果有差异，则可得到疲劳对瞳孔的直径有显著影响。
第二：如果上述检验结果有差异的话，可进行疲劳状态下，第一分钟与第2、3、4。。。30分钟，分别进行配对样本的T检验，当与第N分钟有差异时，即可得到第N分钟后开始有显著影响了。
注意：这个问题必须按被测试者来组织数据。