楼主: IAMGPS
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[有偿编程] R程序纠错改正(lsoda) [推广有奖]

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楼主
IAMGPS 发表于 2016-8-11 10:08:54 |AI写论文
50论坛币
hi,colleagues of R:
调用deSolve包从别处看到了一段代码,跟我的研究基本拟合,直接拿来改改参数用了,但现在要对一个固定赋值的参数进行分段赋值(根据时间点,前5天原始参数值,后2天参数值变为0),但是一直报错,不知道是我写的不对,还是对Isoda这个函数调用错了,希望大家帮帮忙。Thanks.
原始代码直接贴图了, beta这个值原始是0.7,我需要在时间点6,7,12,14(时间50天,间隔1天)时将beta设定为0,其余时间仍旧为0.7. 将beta赋值的代码改了下,就跑不出来了,怀疑是Isoda函数格式不对,但不知道怎么改。希望朋友们看下


3.png

library (deSolve)
seir_model = function (current_timepoint, state_values, parameters)
{
  # create state variables (local variables)
  S = state_values [1]        # susceptibles
  E = state_values [2]        # exposed
  I = state_values [3]        # infectious
  R = state_values [4]        # recovered
  
  with (
    as.list (parameters),     # variable names within parameters can be used
         {
           # compute derivatives
           dS = (-beta * S * I)
           dE = (beta * S * I) - (delta * E)
           dI = (delta * E) - (gamma * I)
           dR = (gamma * I)
           
           # combine results
           results = c (dS, dE, dI, dR)
           list (results)
         }
    )
}




beta_value<-function(t)
{
t<-c(1:50)
result=ifelse(t %in% c(6,7,12,14)==T,0,0.7)
return(result)
}


gamma_value = 0.2
delta_value = 1 / 21


parameter_list = c (beta = beta_value, gamma = gamma_value, delta = delta_value)
V = 5000        # exposed hosts
X = 9999        # susceptible hosts
Y = 1           # infectious hosts
Z = 0           # recovered hosts


N = V + X + Y + Z
initial_values = c (S = X/N, E = V/N, I = Y/N, R = Z/N)
timepoints = seq (0, 50, by=1)
output = lsoda (initial_values, timepoints, seir_model, parameter_list)
head(output,10)



关键词:ODA R程序 SOD derivatives parameters 程序 悬赏

沙发
IAMGPS 发表于 2016-8-11 10:11:35
大家帮帮忙啦~~~

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