楼主: 村野孤云
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[问答] 使用R-STUDIO跑KEGG时出现报错 [推广有奖]

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村野孤云 发表于 2018-9-25 22:04:08 |AI写论文

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使用R-STUDIO跑KEGG时出现报错:
Error in dimnames(x) <- dnx : 'dimnames' applied to non-array
求解????

代码
setwd("C:/Users/Administrator/Desktop/new/KEGG")
library("clusterProfiler")
rt=read.table("x.txt",sep="\t",head=T,check.names=F)
geneFC=rt$logFC
gene<-rt$ENTREZ_GENE_ID
names(geneFC)=gene
#kegg
kk<-enrichKEGG(gene=gene,organism="human",qvalueCutoff=0.05)
write.table(summary(kk),file="KEGG.xls",sep="\t",quote=F,row.names=F)

文件和目录都没错。
但就是导不出KEGG.XLM
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关键词:Studio dio Egg stu Names R语言

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沙发
Whig 在职认证  发表于 2018-9-25 22:10:10
write.table是导出不成Excel的
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藤椅
村野孤云 发表于 2018-9-26 12:33:23
我改成txt还是不行。但l加载了library(org.Hs.eg.db)后就可以的。没有再报错。不懂原理。。。。

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